| Issue Date | Title | Author(s) |
| 1 | 2013 | 2-D thresholding of the connectivity map following the multiple sequence alignments of diverse datasets | Doğan, Tunca; Karaçalı, Bilge |
| 2 | 2016 | Annealing-based model-free expectation maximisation for multi-colour flow cytometry data clustering | Köktürk, Başak Esin; Karaçalı, Bilge |
| 3 | Apr-2013 | Automated labelling of cancer textures in colorectal histopathology slides using quasi-supervised learning | Önder, Devrim; Sarıoğlu, Sülen; Karaçalı, Bilge |
| 4 | Sep-2013 | Automatic identification of highly conserved family regions and relationships in genome wide datasets including remote protein sequences | Doğan, Tunca; Karaçalı, Bilge |
| 5 | Dec-2014 | A community computational challenge to predict the activity of pairs of compounds | Bansal, Mukesh; Yang, Jichen; Karan, Charles; Menden, Michael P.; Costello, James C.; Tang, Hao; Xiao, Guanghua; Li, Yajuan; Allen, Jeffrey; Zhong, Rui; Chen, Beibei; Kim, Minsoo; Wang, Tao; Heiser, Laura M.; Realubit, Ronald; Mattioli, Michela; Alvarez, Mariano J.; Shen, Yao; NCI-DREAM Community; Karaçalı, Bilge ; Gallahan, Daniel; Singer, Dinah; Saez-Rodriguez, Julio; Xie, Yang; Stolovitzky, Gustavo; Califano, Andrea |
| 6 | Dec-2014 | A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms | Costello, James C.; Heiser, Laura M.; Georgii, Elisabeth; Gönen, Mehmet; Menden, Michael P.; Wang, Nicholas J.; Bansal, Mukesh; Ammad-ud-din, Muhammad; Hintsanen, Petteri; Khan, Suleiman A.; Mpindi, John-Patrick; Kallioniemi, Olli; Honkela, Antti; Aittokallio, Tero; Wennerberg, Krister; NCI-DREAM Community; Karaçalı, Bilge ; Collins, James J.; Gallahan, Dan; Singer, Dinah; Saez-Rodriguez, Julio; Kaski, Samuel; Gray, Joe W.; Stolovitzky, Gustavo |
| 7 | Jan-2015 | A computational analysis of Turkish makam music based on a probabilistic characterization of segmented phrases | Bozkurt, Barış ; Karaçalı, Bilge |
| 8 | 2012 | Dijital sitolojide kanser tanıma için analitik ve öngörüsel yarı-güdümlü öğrenme | Karaçalı, Bilge |
| 9 | 2010 | Doğrusal olmayan gömme teknikleri altında gen dizilerinin evrimsel i̇lişkileri | Doğan, Tunca; Karaçalı, Bilge |
| 10 | 2016 | EEG verisinde kanallar-arası zaman uyumluluk profilleri kullanılarak hayali hareket tanıma | Olcay, Bilal Orkan ; Özgören, Murat; Karaçalı, Bilge |
| 11 | May-2016 | An efficient algorithm for large-scale quasi-supervised learning | Karaçalı, Bilge |
| 12 | 2017 | Entropik kümeleme kullanılarak beyin aktivitesi karakterizasyonu | Olcay, Bilal Orkan ; Karaçalı, Bilge ; Özgören, Murat; Güdücü, Çağdaş |
| 13 | 2019 | Evaluation of synchronization measures for capturing the lagged synchronization between EEG channels: A cognitive task recognition approach | Olcay, Bilal Orkan ; Karaçalı, Bilge |
| 14 | 2011 | Farklı kontrastlı medi̇kal görüntülerde elasti̇k hi̇zalama i̇çi̇n ni̇rengi̇ noktalarının beli̇rlenmesi̇ ve sınanması | Karaçalı, Bilge |
| 15 | 2016 | Fisher's linear discriminant analysis based prediction using transient features of seismic events in coal mines | Köktürk Güzel, Başak Esin; Karaçalı, Bilge |
| 16 | 2012 | Hierarchical motif vectors for prediction of functional sites in amino acid sequences using quasi-supervised learning | Karaçalı, Bilge |
| 17 | 2010 | Histoloji görüntülerinde kanserli desenlerin yarı güdümlü öğrenme yöntemiyle tam otomatik sınıflandırılması | Önder, Devrim; Sarıoğlu, Sülen; Karaçalı, Bilge |
| 18 | 2014 | Model-free expectation maximization for divisive hierarchical clustering of multicolor flow cytometry data | Köktürk, Başak Esin; Karaçalı, Bilge |
| 19 | 2018 | Ortak bilgi miktarının modelden-bağımsız ve hızlı hesaplanması için yeni yöntemler | Çağdaş, Serhat; Karaçalı, Bilge |
| 20 | 2013 | The prognostic value of tumor-stroma proportion in laryngeal squamous cell carcinoma | Ünlü, Mehtat; Çetinayak, Hasan Oğuz; Önder, Devrim; Ecevit, Cenk; Akman, Fadime; İkiz, Ahmet ömer; Ada, Emel; Karaçalı, Bilge ; Sarıoğlu, Sülen |
