Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/7789
Title: Faz kontrast optik mikroskopi zaman serisi görüntülerinde hücrelerin otomatik bölütlenmesi
Other Titles: Automated segmentation of cells in phase contrast optical microscopy time series images
Authors: Binici, Rıfkı Can
Şahin, Umut
Ayanzadeh, Aydın
Töreyin, Behçet Uğur
Önal, Sevgi
Okvur, Devrim Pesen
Yalçın Özuysal, Özden
Ünay, Devrim
Önal, Sevgi
Okvur, Devrim Pesen
Yalçın Özuysal, Özden
Önal, Sevgi
Okvur, Devrim Pesen
Yalçın Özuysal, Özden
Keywords: Cell segmentation
Deep learning
Phase contrast optical microscopy
SegNet
Time series
Issue Date: 2019
Publisher: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
Abstract: Phase contrast optical microscopy is a preferred imaging technique for live-cell, temporal analysis. Segmentation of cells from time series data acquired with this technique is a labor-intensive and time-consuming task that cell biology researchers need solution for. In this study traditional image processing and deep learning based approaches for automated cell segmentation from phase contrast optical microscopy time series are presented, and their performances are evaluated against manually annotated datasets. © 2019 IEEE.
Faz kontrast optik mikroskopi hücrelerin canlı ortamlarında zamana bağlı incelenmesi için tercih edilen görüntüleme yöntemidir. Bu yöntem ile elde edilen zaman serisi görüntülerinde hücrelerin bölütlenmesi işi hücre biyolojisi araştırmacılarının çözümüne ihtiyaç duyduğu emek yoğun ve zaman alan bir iştir. Bu çalışmada faz kontrast optik mikroskopi zaman serilerinde hücrelerin otomatik bölütlenmesi için geleneksel görüntü işleme ve derin öğrenme temelli yöntemler önerilmiş ve başarımları elle işaretlenmiş veri kümelerinde nicel olarak ölçülmüştür.
Description: 2019 Medical Technologies Congress, TIPTEKNO 2019; Palm Wings Ephesus HotelIzmir; Turkey; 3 October 2019 through 5 October 2019
URI: https://doi.org/10.1109/TIPTEKNO.2019.8895080
https://hdl.handle.net/11147/7789
ISBN: 9781728124209
Appears in Collections:Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / Scopus Indexed Publications Collection

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
08895080.pdfConference Paper898.28 kBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

CORE Recommender

Page view(s)

36
checked on Oct 16, 2021

Download(s)

32
checked on Oct 16, 2021

Google ScholarTM

Check

Altmetric


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.