Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/4355
Title: Morphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, Izmir, coast of the Aegean Sea
Other Titles: Urla-İzmir (Ege Denizi) kıyılarından izole edilen pennate diatomların morfolojik ve moleküler tayini
Authors: Kesici, Kutsal
Tüney, İnci
Sukatar, Atakan
Zeren, Doğuş
Güden, Mustafa
Keywords: Diatom
ITS
LM
Sem
Molecular characterization
Issue Date: 2013
Publisher: TUBITAK
Source: Kesici, K., Tuney, İ., Sukatar, A., Zeren, D. & Güden, M. (2013). Morphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, İzmir, coast of the Aegean Sea. Turkish Journal of Biology, 37 (5), 530-537. doi: 10.3906/biy-1205-40
Abstract: Diatoms represent an important class of aquatic phototrophs. They are not only one of the major contributors to global carbon fixation, but also play a key role in the biogeochemical cycling of silica. Molecular identification methods based on conserved DNA sequences, such as ITS (Internal Transcribed Spacer) have revolutionized our knowledge and understanding of conventional taxonomy. In this study, we aimed to compare the conventional identification methods with molecular identification methods. To do so, we isolated four diatom samples from Coast of Urla and characterized them using light microscopy (LM) and scanning electron microscopy (SEM) according to morphological features. Then, we amplified ITS regions using conventional polymerase chain reaction (PCR), sequenced the PCR products and analyzed the sequences using bioinformatic tools. Bioinformatic analysis indicated that the isolated species had high sequence similarity to Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. and Cylindrotheca sp. We believe that molecular identification methods enable rapid and more reliable identification of diatom species and are crucial for monitoring harmful algal blooms.
Diatomlar denizsel ortamın oldukça önemli bir fotosentetik organizma grubudur. Küresel karbon fiksasyonunun baskın elemanları olmalarının yanısıra silikanın biyokimyasal döngüsünde de önemli bir rol oynamaktadırlar. Günümüzde sistematik ve evrimsel çalışmalarda ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesine dayalı DNA analizleri standart bir yaklaşım halini almış ve bu alana yeni bir bakış açısı getirmiştir. Bu çalışmada geleneksel tayin yöntemleri ile moleküler tayin yöntemlerininin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle Urla kıyılarının farklı bölgelerinden dört diatom türü izole edilmiş, ışık mikroskobu (LM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile morfolojik olarak incelenmiştir. Daha sonra ITS bölgesi PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile çoğaltılmış, elde edilen PZR ürünlerinin dizi analizi yapılarak biyoinformatik yöntemler kullanılarak tür tayini gerçekleştirilmiştir. DNA dizi analizi sonuçlarına göre izole edilen diatomların Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. ve Cylindrotheca sp.. oldukları saptanmıştır. Moleküler yüntemlerle gerçekleştirilen tür tayinlerinin, diyatom türlerinin belirlenmesi ayrıca zararlı ani alg çoğalmalarının izlenmesi açısından da daha hızlı ve güvenilir olduğu kanısındayız.
URI: http://hdl.handle.net/11147/4355
ISSN: 1300-0152
1303-6092
Appears in Collections:Materials Science and Engineering / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği
Mechanical Engineering / Makina Mühendisliği
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / Scopus Indexed Publications Collection
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / WoS Indexed Publications Collection

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
4355.pdfMakale3.56 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

CORE Recommender

SCOPUSTM   
Citations

10
checked on Dec 11, 2021

WEB OF SCIENCETM
Citations

8
checked on Jan 22, 2022

Page view(s)

48
checked on Jan 24, 2022

Download(s)

42
checked on Jan 24, 2022

Google ScholarTM

Check

Altmetric


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.