Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/4355
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorKesici, Kutsal-
dc.contributor.authorTüney, İnci-
dc.contributor.authorSukatar, Atakan-
dc.contributor.authorZeren, Doğuş-
dc.contributor.authorGüden, Mustafa-
dc.date.accessioned2015-12-03T15:02:03Z
dc.date.available2015-12-03T15:02:03Z
dc.date.issued2013
dc.identifier.citationKesici, K., Tuney, İ., Sukatar, A., Zeren, D. & Güden, M. (2013). Morphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, İzmir, coast of the Aegean Sea. Turkish Journal of Biology, 37 (5), 530-537. doi: 10.3906/biy-1205-40en_US
dc.identifier.issn1300-0152-
dc.identifier.issn1303-6092-
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11147/4355-
dc.identifier.urihttps://search.trdizin.gov.tr/yayin/detay/150049-
dc.description.abstractDiatoms represent an important class of aquatic phototrophs. They are not only one of the major contributors to global carbon fixation, but also play a key role in the biogeochemical cycling of silica. Molecular identification methods based on conserved DNA sequences, such as ITS (Internal Transcribed Spacer) have revolutionized our knowledge and understanding of conventional taxonomy. In this study, we aimed to compare the conventional identification methods with molecular identification methods. To do so, we isolated four diatom samples from Coast of Urla and characterized them using light microscopy (LM) and scanning electron microscopy (SEM) according to morphological features. Then, we amplified ITS regions using conventional polymerase chain reaction (PCR), sequenced the PCR products and analyzed the sequences using bioinformatic tools. Bioinformatic analysis indicated that the isolated species had high sequence similarity to Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. and Cylindrotheca sp. We believe that molecular identification methods enable rapid and more reliable identification of diatom species and are crucial for monitoring harmful algal blooms.en_US
dc.description.abstractDiatomlar denizsel ortamın oldukça önemli bir fotosentetik organizma grubudur. Küresel karbon fiksasyonunun baskın elemanları olmalarının yanısıra silikanın biyokimyasal döngüsünde de önemli bir rol oynamaktadırlar. Günümüzde sistematik ve evrimsel çalışmalarda ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesine dayalı DNA analizleri standart bir yaklaşım halini almış ve bu alana yeni bir bakış açısı getirmiştir. Bu çalışmada geleneksel tayin yöntemleri ile moleküler tayin yöntemlerininin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle Urla kıyılarının farklı bölgelerinden dört diatom türü izole edilmiş, ışık mikroskobu (LM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile morfolojik olarak incelenmiştir. Daha sonra ITS bölgesi PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile çoğaltılmış, elde edilen PZR ürünlerinin dizi analizi yapılarak biyoinformatik yöntemler kullanılarak tür tayini gerçekleştirilmiştir. DNA dizi analizi sonuçlarına göre izole edilen diatomların Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. ve Cylindrotheca sp.. oldukları saptanmıştır. Moleküler yüntemlerle gerçekleştirilen tür tayinlerinin, diyatom türlerinin belirlenmesi ayrıca zararlı ani alg çoğalmalarının izlenmesi açısından da daha hızlı ve güvenilir olduğu kanısındayız.en_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherTUBITAKen_US
dc.relation.ispartofTurkish Journal of Biologyen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectDiatomen_US
dc.subjectITSen_US
dc.subjectLMen_US
dc.subjectSemen_US
dc.subjectMolecular characterizationen_US
dc.titleMorphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, Izmir, coast of the Aegean Seaen_US
dc.title.alternativeUrla-İzmir (Ege Denizi) kıyılarından izole edilen pennate diatomların morfolojik ve moleküler tayinien_US
dc.typeArticleen_US
dc.authoridTR114204en_US
dc.authoridTR114738en_US
dc.institutionauthorZeren, Doğuş-
dc.institutionauthorGüden, Mustafa-
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Mechanical Engineeringen_US
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Materials Science and Engineeringen_US
dc.identifier.volume37en_US
dc.identifier.issue5en_US
dc.identifier.startpage530en_US
dc.identifier.endpage537en_US
dc.identifier.wosWOS:000325300500004en_US
dc.identifier.scopus2-s2.0-84883549424en_US
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US
dc.identifier.doi10.3906/biy-1205-40-
dc.relation.doi10.3906/biy-1205-40en_US
dc.coverage.doi10.3906/biy-1205-40en_US
dc.identifier.trdizinid150049en_US
dc.identifier.wosqualityQ3-
dc.identifier.scopusqualityQ2-
item.openairetypeArticle-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.fulltextWith Fulltext-
item.languageiso639-1en-
item.cerifentitytypePublications-
item.grantfulltextopen-
crisitem.author.dept03.10. Department of Mechanical Engineering-
Appears in Collections:Materials Science and Engineering / Malzeme Bilimi ve Mühendisliği
Mechanical Engineering / Makina Mühendisliği
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / Scopus Indexed Publications Collection
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / WoS Indexed Publications Collection
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
4355.pdfMakale3.56 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show simple item record



CORE Recommender

SCOPUSTM   
Citations

12
checked on Mar 22, 2024

WEB OF SCIENCETM
Citations

10
checked on Mar 27, 2024

Page view(s)

262
checked on Mar 25, 2024

Download(s)

272
checked on Mar 25, 2024

Google ScholarTM

Check




Altmetric


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.