• English
    • Türkçe
  • Türkçe 
    • English
    • Türkçe
  • Giriş
Öğe Göster 
  •   DSpace Ana Sayfası
  • 1. Fen Fakültesi / Faculty of Science
  • Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
  • Öğe Göster
  •   DSpace Ana Sayfası
  • 1. Fen Fakültesi / Faculty of Science
  • Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
  • Öğe Göster
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.
Gerçek Zamanlı Erişim Haritası

Ranking tandem mass spectra: And the impact of database size and scoring function on peptide spectrum matches

Thumbnail
Göster/Aç
Conference Paper (516.4Kb)
Tarih
2013
Yazar
Has, Canan
Kundakçı, Cemal Ulaş
Altay, Aybuge
Allmer, Jens
Metadata
Tüm öğe kaydını göster
Özet
Proteomics is currently driven by mass spectrometry. For the analysis of tandem mass spectra many computational algorithms have been proposed. There are two approaches, one which assigns a peptide sequence to a tandem mass spectrum directly and one which employs a sequence database for looking up possible solutions. The former method needs high quality spectra while the latter can tolerate lower quality spectra. Since both methods are computationally expensive, it is sensible to establish spectral quality using an independent fast algorithm. In this study, we first establish proper settings for database search algorithms for the analysis of spectra in our gold benchmark dataset and then analyze the performance of ScanRanker, an algorithm for quality assessment of tandem MS spectra, on this ground truth data. We found that OMSSA and MSGFDB have limitations in their scoring functions but were able to form a proper consensus prediction using majority vote for our benchmark data. Unfortunately, ScanRanker's results do not correlate well with the consensus and ScanRanker is also too slow to be used in the capacity it is supposed to be used. © 2013 IEEE
Bağlantı
http://doi.org/10.1109/HIBIT.2013.6661686
http://hdl.handle.net/11147/5321
Collections
  • Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik [290]
  • Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / Scopus Indexed Publications Collection [3276]


DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 



| İYTE AB Politikası |
DSpace@İYTE Rehberi |

DSpace@İYTE

by OpenAIRE
Gelişmiş Arama

Göz at

Tüm DSpaceBölümler & KoleksiyonlarTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreBölüme GöreYayıncıya GöreKategoriye GöreDile GöreErişim ŞekliİYTE Yazarına GöreBu KoleksiyonTarihe GöreYazara GöreBaşlığa GöreKonuya GöreTüre GöreBölüme GöreYayıncıya GöreKategoriye GöreDile GöreErişim ŞekliİYTE Yazarına Göre

Hesabım

GirişKayıt

İstatistikler

Kullanım İstatistiklerini Göster

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
İletişim | Geri Bildirim
Theme by 
@mire NV
 

 


|| İYTE AB Politikası || DSpace@İYTE Rehberi || Kütüphane || İYTE || OAI-PMH ||

IZTECH Library, Gülbahçe Kampüsü - 35430 - Urla, İzmir / TURKEY
İçerikte herhangi bir hata görürseniz, lütfen bildiriniz: openaccess@iyte.edu.tr.

Creative Commons Lisansı
DSpace@IZTECH by IYTE Institutional repository is licensed under a Creative Commons Attribution-Gayriticari-NoDerivs 3.0 Unported License.

DSpace@IZTECH is member of: