Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/5092
Title: Application of EST-SSRS to examine genetic diversity in eggplant and its close relatives
Other Titles: Patlıcan ve yakın akraba türlerinde genetik çeşitliliği incelemek için EST-SSRs işaretleyicilerinin uygulanması
Authors: Tümbilen, Yeliz
Frary, Anne
Daunay, Marie Christine
Doğanlar, Sami
Keywords: Genic SSRs
Microsatellites
Solanum aethiopicum
Solanum macrocarpon
Solanum melongena
Genic microsatellite markers
Issue Date: 2011
Publisher: TUBITAK
Source: Tümbilen, Y., Frary, A., Daunay, M.C., and Doǧanlar, S. (2011). Application of EST-SSRS to examine genetic diversity in eggplant and its close relatives. Turkish Journal of Biology, 35(2), 125-136. doi:10.3906/biy-0906-57
Abstract: Within the genus Solanum, the term 'eggplant' encompasses several cultivated species that are used for food and, to a lesser extent, for medicine. Th e use of one common name to describe more than one species and the existence of many related wild species have led to taxonomic confusion which, in turn, have complicated analyses of evolutionary relationships and genetic diversity within this groups of species. A further challenge for eggplant research is that, despite the fact that the use of molecular markers for phylogenetic studies is well-established, very few studies have described the development of new markers for eggplant. In our work, genic microsatellite (SSR) markers were identified from an expressed sequence tag library of S. melongena and used for analysis of 47 accessions of eggplant and closely related species. Th e markers had very good polymorphism in the 18 species tested including 8 S. melongena accessions. Moreover, genetic analysis performed with these markers showed concordance with previous research and knowledge of eggplant domestication. Th ese markers are expected to be a valuable resource for studies of genetic relationships, fingerprinting, and gene mapping in eggplant.
Solanum cinsi içerisinde, ‘patlıcan’ terimi gıda ve daha az ölçüde tıp için kullanılan çeşitli kültür türlerini kapsamaktadır. Birden fazla türü tanımlamak için yaygın bir ismin kullanımı ve çok sayıda akraba yabani türlerin varlığı taksonomik karışıklığa yol açmıştır. Bu durumun bir sonucu olarak bu gruplar içerisindeki türlerin evrimsel ilişkilerin analizleri ve genetik çeşitliliğin ortaya çıkarılması karmaşık hale gelmiştir. Patlıcan araştırmaları için ortaya çıkan diğer bir sorun da, aslında fi logenetik çalışmalar için moleküler işaretleyicilerin kullanımı iyi kurulmasına rağmen, çok az sayıdaki çalışmada patlıcan için yeni işaretleyicilerin geliştirilmesi nitelendirilmiştir. Bu çalışmada, genik mikrosatalit (SSR) işaretleri Solanum melongena türü için geliştirilmiş bir ifade edilmiş DNA dizi etiketi kütüphanesinden belirlenmiştir ve 47 adet patlıcan ve yakın akraba türlerine ait tohum örneğinin analizinde kullanılmıştır. Bu işaretleyiciler aralarında 8 adet Solanum melongena tohum örneği içeren 18 türde çok iyi polimorfi zm vermiştir. Ayrıca, bu işaretleyiciler kullanılarak yapılan genetik analizler önceki araştırmalarla ve patlıcanın ıslahı ile ilgili bilinen bilgiler ile uyum göstermiştir. Bu işaretleyicilerin patlıcan da genetik ilişkilerin belirlenmesi, parmakizi analizleri ve genetik haritalama çalışmaları için çok değerli kaynak oluşturmaları beklenmektedir.
URI: https://doi.org/10.3906/biy-0906-57
http://hdl.handle.net/11147/5092
ISSN: 1300-0152
1303-6092
Appears in Collections:Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
Scopus İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / Scopus Indexed Publications Collection
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
WoS İndeksli Yayınlar Koleksiyonu / WoS Indexed Publications Collection

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
5092.pdfMakale489.64 kBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

CORE Recommender

SCOPUSTM   
Citations

19
checked on Dec 4, 2021

WEB OF SCIENCETM
Citations

24
checked on Dec 4, 2021

Page view(s)

26
checked on Dec 8, 2021

Download(s)

18
checked on Dec 8, 2021

Google ScholarTM

Check

Altmetric


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.