Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/13527
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorAltınkaya, Mustafa Aziztr
dc.contributor.authorİnal, Fikrettr
dc.contributor.authorBaran, Yusuftr
dc.date.accessioned2023-06-16T08:32:19Z-
dc.date.available2023-06-16T08:32:19Z-
dc.date.issued2012-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/13527-
dc.description.abstractKimyasal reaksiyonların stokastik modellemesi, reaksiyondaki molekül sayılarının az olduğu durumda, her bir molekülün ne zaman reaksiyona gireceğinin tam olarak belirlenememesi nedeniyle yalnızca makroskopik ölçekte doğru olan gerekirci yönteme göre daha başarılıdır. Gillespie’nin geliştirdiği stokastik benzetim algoritması (SBA) Monte Carlo teknikleriyle sistemdeki bir sonraki reaksiyonun hangi reaksiyon olacağını ve ne zaman gerçekleşeceğini belirlemektedir. Ancak SBA’nın molekül sayıları arttıkça işlem yoğunluğu çok artmaktadır. Bu durumda, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu koruması koşulunu bozmayacak miktarda çok kez ateşleyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktarını tau peryodu ile güncelleyen tau-atlama algoritması işlem yoğunluğunu önemli ölçüde azaltmaktadır. Her bir reaksiyon kanalının tau aralığında ateşlenme adedini belirleyen Poisson değişken, reaksiyona girme eğilimi ile tau'nun çarpımı çok büyüdüğünde Gauss gibi davranmaya başlar. Bu durumda reaksiyondaki konsantrasyonları belirleyen stokastik türev denklemi Kimyasal Langevin Denklemi’ne (KLD) karşılık gelir. KLD’deki Gauss sürecin yerine Levy (alfa) - kararlı daha dürtün bir sürecin konması, KLD’nin tanımladığı Brown hareketini Levy uçuşuna dönüştürür. Kimyasal Langevin-Levy Denklemi (KLLD) olarak tanımlanan bu denklem az sayıdaki molekülün bulunduğu biyokimyasal reaksiyonları daha iyi modelleyebilir. Maltozdan glukoz elde edilen bir Michaelis-Menten sistemi ve daha çok reaksiyon içeren laktuloz hidrolizi sırasındaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonlarında KLLD’nin SBA ve KLD’ye kıyasla daha fazla gerekirci eğriden sapmaya neden olduğu ancak aynı ortalama davranışın takip edildiği görülmektedir. Bu çalışma biyokimyasal reaksiyon benzetininde KLLD’ye dayalı tau-atlamanın kullanılabileceğini göstermiştir.tr
dc.language.isotren_US
dc.publisherTÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumutr
dc.relationBiyolojik-Kimyasal Reaksiyonların Benzetimi İçin Monte Carlo Teknikleritr
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectKimyasal reaksiyon benzetimitr
dc.subjectTau-atlama algoritmasıtr
dc.subjectKimyasal Langevin denklemitr
dc.titleBiyolojik-kimyasal reaksiyonların benzetimi için Monte Carlo teknikleritr
dc.typeProjecten_US
dc.authorid0000-0001-8048-5850en_US
dc.authorid0000-0002-1056-4673en_US
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Electrical and Electronics Engineeringen_US
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Chemical Engineeringen_US
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Molecular Biology and Geneticsen_US
dc.relation.publicationcategoryDiğertr
dc.relation.grantno109E209en_US
item.languageiso639-1tr-
item.fulltextWith Fulltext-
item.cerifentitytypePublications-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.openairetypeProject-
crisitem.author.dept03.05. Department of Electrical and Electronics Engineering-
crisitem.author.dept03.02. Department of Chemical Engineering-
crisitem.author.dept04.03. Department of Molecular Biology and Genetics-
Appears in Collections:Chemical Engineering / Kimya Mühendisliği
Electrical - Electronic Engineering / Elektrik - Elektronik Mühendisliği
Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
document.pdfProject File2.4 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

102
checked on Jun 17, 2024

Download(s)

34
checked on Jun 17, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.