Analysis of TNFRSF10B-As long-noncoding RNA's effects on various cancer cell properties

Abstract

Long noncoding RNAs (lncRNAs) being longer than 200 nucleotides constitute a different class of RNA molecules. Several studies indicated that they have regulatory role in cellular processes including cancer development. Some of them have exclusively high expression in particular cancer types and regulate certain cancer cell properties. This renders them potential biomarker or therapeutic target in cancer. In this study, effects of a candidate lncRNA TNFRSF10B-AS and lncCAMTA1 on cancer cell properties were investigated. Candidate lncRNAs from Doxorubicin, Fas mAB, TNF-alpha and Cisplatin treated HeLa cell line were chosen and their expression level was measured in different cell lines including healthy (BEAS2B and MCF10A), metastatic (H1299 and MDA-MB- 231) and non-metastatic cell lines (A549 and MCF-7) by qPCR. From a few candidates lncCAMTA1 and TNFRSF10B-AS were selected for further analysis. qPCR results obtained from comparison of different cancer cell lines showed that their expression differs at least in one comparison of cell lines. TNFRSF10B-AS silencing decreased proliferation of HeLa cells. lncCAMTA1 was silenced or overexpressed in HeLa cells but phenotypic effect couldn’t be detected by apoptosis and cell proliferation assay. Additionally, phenotypic effect also couldn’t be observed in other cell lines when TNFRSF10B-AS was silenced.

Uzun kodlanmayan RNA’lar 200 nükleotid uzunluğundan daha fazla olup RNA moleküllerinin farklı bir sınıfını oluşturmaktadırlar. Birçok çalışma gösteriyor ki bu RNA’lar kanser gelişiminin de içinde bulunduğu hücresel proseslerde düzenleyici görev almaktadırlar. Bu özellik onların kanseri teşhis ve tedavi etmede birer potansiyel biyoişaret olmasına olanak sağlar. Bu çalışmada TNFRSF10B uzun kodlanmayan RNA’sının değişik kanser hücre özellikleri üzerine etkilerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Doxorubicin, Fas mAB, TNF-alpha and Cisplatin ile muamele edilmiş HeLa hücre hattından seçildi ve seçilen aday uzun kodlanmayan RNA’ların ifade düzeyleri metastatic (H1299 and MDA-MB-231), metastatik olmayan (A549 and MCF- 7) ve sağlıklı (BEAS2B and MCF10A) hücre hatları üzerinde qPCR ile tespit edildi. Birkaç aday arasından TNFRSF10B-AS ve lncCAMTA1 seçildi ve bu uzun kodlanmayan RNA’ların etkileri hücre proliferasyon analizi yapılarak araştırıldı. qPCR sonuçlarından bu RNA’ların hücre karşılaştırmalarından en az birinde farklı ifade edildiği görüldü. Buna ek olarak TNFRSF10B-AS’in susturulmasının HeLa hücre hattında proliferasyonun azalmasına neden olduğu tespit edildi. lncCAMTA1’in susturulmasının veya fazla ifadesinin herhangi bir fenotipic etkiye neden olmadığı yapılan apoptoz ve proliferasyon çalışmalarıyla tespit edildi. Ayrıca, TNFRSF10B-AS’nin HeLa dışındaki diğer hücre hatlarında susturulması sonucu da herhangi bir fenotipik değişiklik gözlemlenemedi.