Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/4841
Title: Investigation of biological and organic molecular assembly
Other Titles: Biyolojik ve organik moleküler yapılanmaların incelenmesi
Authors: Zareie, Hadi
Şentürk, Ufuk
Mendirek, Gizem
Keywords: Self-assembled monolayers
Organic molecules
Biological molecules
Molecules
Issue Date: Jul-2016
Publisher: Izmir Institute of Technology
Source: Mendirek, G. (2016). Investigation of biological and organic molecular assembly. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkey
Abstract: Self-assembled monolayers (SAMs) are well-defined and ordered films of molecules that are spontaneously deposited on a surface. By designing molecules with desired head groups for binding specific surfaces, such SAMs can be interesting for a lot of applications such as molecular electronics and biosensors. In this study, SAMs of organic and biological molecules have been investigated. SAMs of thiophenol, a newly designed Schiff base (E)-4-((4-(phenylethynyl)benzylidene)amino)benzenethiol molecule, a newly designed 4-(4,7-di(thiophen-2-yl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)benzaldehyde monomer were studied. Mixed SAMs of biotin and streptavidin and graphite binding peptide assemblies are also studied. SAMs were prepared by solution phase method. The gold surface and graphite surface were used as a substrate, because they are both chemically inert to oxidation and flat surfaces. Scanning Tunneling Microscope (STM) was the main experimental technique used here. It was used to obtain images of SAMs at an atomic scale. Scanning Tunneling Spectroscopy (STS) was used to provide information about the local density of states of molecules. Spectroscopic Ellipsometry (SE) was used to measure the monolayer thickness. Contact Angle Measurements was used to determine the surface wettability. X-Ray Photoelectron Spectroscopy (XPS) was used to analyze surface chemistry of SAMs. Surface-Enhanced Raman Spectroscopy (SERS) was used to identify the molecules on a surface.
Öz-düzenli tek katmanlar yüzeyde kendiliğinden tanımlanmış ve sıralanmış moleküllerden meydana gelen filmlerdir. Belirli yüzeylere bağlanması için istenilen baş gruplara sahip moleküller dizayn edilmesi durumunda, öz-düzenli tek katmanlar moleküler elektronik ve biyosensör gibi birçok uygulama alanı için ilgi çekici olabilir. Bu çalışmada, biyolojik ve organik moleküllerden meydana gelen öz-düzenli tek katmanlar incelenmiştir. Tiyofenol, yeni dizayn edilmiş Schiff yapılı (E)-4-((4-(feniletilin)benziliden)amino)benzentiyol, ve yeni dizayn edilmiş 4-(4,7-di(tiyofen-2-il)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)benzaldehit molekülleri ile çalışılmıştır. Biyotin ve streptavidin ile karışık öz-düzenli tek katmanlar ve grafite bağlanan peptit yapıları da çalışılmıştır. Öz-düzenli tek katmanlar çözelti fazı metodu ile hazırlanmıştır. Altın ve grafit yüzeyler alttaş olarak kullanılmıştır, çünkü her ikisi de kimyasal olarak oksidasyona karşı etkisiz ve düz yüzeylerdir. Taramalı Tünelleme Mikroskobu kullanılan ana deneysel tekniktir. Öz-düzenli tek katmanların atomik düzeyde görünlenmesinde kullanılmıştır. Taramalı Tünelleme Spektroskopisi moleküllerin lokal yoğunluk düzeyleri hakkında bilgi edinmek için kullanılmıştır. Spektrokopik Ellipsometre tek katman kalınlığını ölçmek için kullanılmıştır. Kontakt açısı ölçer ile yüzey ıslanabilirliği hakkında bilgi edinilmiştir. X-Işını Fotoelektron Spektroskopisi ile öz-düzenli tek katmanların yüzey kimyası analiz edilmiştir. Yüzeyde Güçlendirilmiş Raman Spektroskopisi ile yüzeydeki moleküller tayin edilmiştir.
Description: Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Biotechnology, Izmir, 2016
Full text release delayed at author's request until 2019.08.29
Includes bibliographical references (leaves: 49-53)
Text in English; Abstract: Turkish and English
x, 53 leaves
URI: http://hdl.handle.net/11147/4841
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
T001494.pdfMasterThesis3.28 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

CORE Recommender

Page view(s)

36
checked on Aug 8, 2022

Download(s)

30
checked on Aug 8, 2022

Google ScholarTM

Check


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.