Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/4566
Title: Identification of long non-coding RNAs that regulate apoptosis in human
Other Titles: İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
Authors: Akgül, Bünyamin
Ahmadov, Ulvi
Keywords: RNA editing
Apoptosis
Non-coding RNA
Deep sequencing
Issue Date: Dec-2015
Publisher: Izmir Institute of Technology
Source: Ahmadov, U. (2015). Identification of long non-coding RNAs that regulate apoptosis in human. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkey
Abstract: Apoptosis is essential for cellular homeostasis and normal development. Aberrant apoptosis (too much or too less) is associated with many important diseases such as autoimmune diseases and cancer. Studies have led to the identification of a number of proteins and microRNAs involved in the regulation of apoptosis. However, the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) is still unclear. In this study, two cancer therapeutics drugs, cisplatin and doxorubicin, and two ligands, Fas mAb and TNF-alpha, were used in identification of differentially expressed pathway-drug specific and/or global lncRNAs in apoptotic HeLa cells. Following dose-kinetics experiments the level of apoptosis was measured by Flow Cytometry and was further verified by Fluorescence Microscopy and Western Blotting via measurement of Caspase 3, 8 and 9 protein levels. Three replicates of total RNAs (control and drug/ligand-treated cells) were sent to deepsequencing using the Illumina platform. The resulting reads matched to the human genome greater than 95%. Under our experimental setting, treatments with cisplatin, doxorubicin, Fas mAb and TNF-alpha led to the differential expression of 1644, 506, 584 and 807 lncRNAs, respectively (2-fold or higher, P < 0.01). Two of identified lncRNAs common for all inducers was in antisense position to TRAIL-R2 receptor and FasR associated factor which play directly in apoptosis. Results suggest that many lncRNAs are differentially expressed upon treatment with the indicated agents. Functional characterization of candidates might provide an interesting insight into regulation of apoptosis.
Hücre içi homeostazinin sağlanması açısından çok önemli olan apoptoz normal gelişimin yanı sıra otoimmun ve kanser gibi önemli hastalıklarla da bağlantılıdır. Biyokimyasal ve genetik analizler sonucu apoptozun kontrol mekanizmasında görev alan bir dizi protein ve mikroRNA’lar belirlenmiştir. Post-genomik çağdaki son çalışmalar genomda bir dönem ‘çöp’ DNA olarak belirlenen bölgelerden çok sayıda uzun kodlanmayan RNA’ların (ukmRNA) keşfine yol açmıştır. Bu çalışmada, apoptozun tetiklendiği HeLa hücrelerinde farklı ifade edilen ukmRNA’ların belirlenebilmesi için iki anti-kanser ilaç, sisplatin ve doksorubisin, ve iki ligant, TNFalpha ve Fas monoklonal antikoru, kullanılmıştır. Doz - ve zaman - kinetik deneylerini müteakip apoptoz seviyesi akış sitometresiyle ölçülmüş ve floresan mikroskopuyla sonuçlar teyit edilmiştir. Apoptozun tetiklendiğini doğrulamak için biyokimyasal olarak kaspaz 3, 8 ve 9 proteinlerinin seviyeleri ölçüldü. İllumina platformunu kullanarak derin sekans analizi yapabilmek için kontrol ve ilaç ile muamele edilmiş hücrelerden üçer replika toplam RNA örnekleri elde edildi. Sekans sırasında örnekler insan genomu ile %95 eşleşmiştir. Doksorubisin, sisplatin, TNFalpha ve Fas monoklonal antikoru muamelesi hücrelerde sırası ile 1644, 506, 584 and 807 adet ukmRNA’nın farklı ifade edilmesine neden olmuştur (an ez 2 kat, P < 0.05). Tüm ilaç muamelerinde ortak olarak faklı ifade edilen ukmRNA’lardan ikisi apoptozda önemli rol oynayan TRAIL-R2 reseptör ve FasR reseptöre bağlı öğe 1’ye (FAF1) antisens olarak bulunmuştur. Deneysel şartlarımız çerçevesinde sonuçlar ukmRNA’ların yukarıda belirtilmiş ilaçla muamele sırasında farklı ifade edildiğini göstermektedir. Adayların fonksiyonel karakterizasyonu ukmRNA’ların apoptozdaki rollerinin moleküler düzeyde anlaşılmasına yardımcı olacaktır.
Description: Thesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Molecular Biology and Genetics, Izmir, 2015
Includes bibliographical references (leaves: 41-57)
Text in English; Abstract: Turkish and English
ix, 57 leaves
URI: http://hdl.handle.net/11147/4566
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
T001429.pdfMasterThesis1.84 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show full item record

CORE Recommender

Google ScholarTM

Check


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.