Polymorphisms in reverse-cholesterol transport pathway related genes and their relationship with complex heart diseases in human populations

Abstract

Cardiovascular diseases have been one of the major causes of mortality worldwide. Genetic factors within the underlying mechanisms are extensively studied but still remain unclear at certain points of views. This master's thesis investigates the genetic factors as single nucleotide polymorphisms and their relationship with complex heart diseases in human populations. The study employs a comprehensive approach integrating molecular genetics, epidemiology and biostatistics to analyze diver range of genetic variations within the reverse cholesterol pathway (RCT) playing a role in the cholesterol homeostatis. In a systematic review perspective, by conducting meta-analyses of existing clinical data in literature, the study aims to examine and identify single nucleotide polymorphisms with an increased risk of complex heart disease. Furthermore, the study aims to enrich the set of variants related to coronary heart disease (CHD) and high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) by determination of additional variants in linkage disequilibrium pairs and functional annotation of variants with potential effects. Publicly available clinical data regarding to the relationships of variants and their effects enabled us to explore the underlying genetic factors of higher CHD risk. The findings have the potential to improve future research directions, clinical practice, and public health initiatives aimed at reducing the global burden of cardiovascular diseases.

Kardiyovasküler hastalıklar dünya genelinde ölümün önemli nedenlerinden biri olmuştur. Temel mekanizmaları yöneten genetik faktörler yoğun bir şekilde incelenmiş olsa da, bazı bakış açılarından hala belirsizlikler devam etmektedir. Bu yüksek lisans tezi insan genomunda kardiyovasküler hastalıklarla ilişkilendirilme potansiyeline sahip tek nükleotid polimorfizmleri (SNP) ve bunların insan popülasyonlarında etkisini incelemeyi hedeflemiştir. Çalışma, kolesterol homeostazında rol oynayan ters kolesterol yolundaki genetik varyasyonları analiz etmek için moleküler genetik, epidemiyoloji ve biyoistatistikleri entegre eden kapsamlı bir yaklaşım kullanmaktadır. Sistematik inceleme perspektifinden, literatürde mevcut klinik verilerin meta-analizlerini yaparak, çalışma karmaşık kalp hastalığına artan risk taşıyan tek nükleotid polimorfizmlerini incelemeyi ve tanımayı amaçlamaktadır. Ayrıca, çalışma koroner kalp hastalığı (KKH) ve yüksek yoğunluklu lipoprotein kolesterolü (HDL-C) ile ilgili varyant grubunu zenginleştirmeyi amaçlayarak, bağlantı dengesizlik çiftlerindeki ek varyantların belirlenmesi ve potansiyel etkileri olan varyantların fonksiyonel bir şekilde anotasyonunu hedeflemektedir. Varyantların ilişkileri ve etkileri hakkında genelde bulunan klinik veriler, bize daha yüksek KKH riskinin altında yatan genetik faktörleri keşfetme olanağı tanımıştır. Bulgular, gelecekteki araştırma eğilimlerini, klinik uygulamaları ve kardiyovasküler hastalıkların global etkisini azaltmaya yönelik girişimleri bilgilendirecek potansiyele sahiptir.