Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/13095
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorAllmer, Jensen
dc.contributor.authorYılmaz, Şuletr
dc.date.accessioned2023-02-05T13:28:19Z-
dc.date.available2023-02-05T13:28:19Z-
dc.date.issued2012-
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/13095-
dc.description.abstractProteomik, çalışılan proteinin işlevini, yerini, etkileşimi ve diğer özelliklerini inceleyen bir bilim dalıdır. Kütle spektrometresi (MS) bu alanda kullanılan bir analitik tekniktir. Bu teknik, birkaç saat içerisinde binlerce spektrumlar üretilmesine olanak sağlamaktadır. Bu alanda, temel olarak iki yaklaşım bulunmaktadır: veritabanı araması ve de novo dizileme. Veritabanı araması, bilinen bir protein dizisi söz konusu olduğunda spektrumlara tahmin atamaları yapılmasına fırsat vermektedir. Fakat tahminler, veritabanında dizinin doğru bir şekilde eklenmiş olmasına bağlıdır. Dizinin veritabanında yer almadığı durumlarda, de novo dizileme algoritmaları ile veritabanından herhangi bir yardım almadan incelenen protein hakkında sonuç elde edilebilmektedir. Fakat bu algoritmaların başarısı spektrumların kalitesine oldukça bağlıdır. Veritabanı aramalarında, hata-toleranslı tanımlamaya olanak veren bazı yöntemler bulunmaktadır. Peptit dizi etkiletleme (PDE) bu amaçla kullanılan bir tekniktir. PDE, arama alanını azaltmak amacı ile veritabanının filtrelemesinde de kullanılan kısa amino asit dizisidir. Fakat PDE’ler, öncül yon kütlesine bağlıdır ve bu yüzden öncül iyon kütlesindeki herhangi bir değişiklik PDE yaratılmasını engellemektedir. Ayrıca, veritabanında protein dizisi bulunmadığı durumlarda homoloji arama yapılması da yararlı olabilmektedir. Bu strateji, yakın türler üzerinde veritabanı aramasını olanak sağlamaktadır. Mevcut homoloji arama yöntemleri de novo dizileme algoritmalarına dayalı olarak çalışmaktadır. Fakat kullanılan de novo dizileme algoritmaları modellemede bazı matematiksel hataları içerebilmekte ve spektrumlara her zaman tahmin verememektedirler.tr
dc.language.isotren_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectKütle spektrometresitr
dc.subjectVeritabanı aramasıtr
dc.titleMs Homolog özelliğe dayalı veritabanı aramalarının kapsamının genişletilmesitr
dc.typeProjecten_US
dc.departmentİzmir Institute of Technology. Molecular Biology and Geneticsen_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.endpage89en_US
dc.relation.publicationcategoryDiğertr
dc.identifier.trdizinid613239en_US
item.grantfulltextnone-
item.openairetypeProject-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.cerifentitytypePublications-
item.languageiso639-1tr-
item.fulltextNo Fulltext-
crisitem.author.dept04.03. Department of Molecular Biology and Genetics-
Appears in Collections:Molecular Biology and Genetics / Moleküler Biyoloji ve Genetik
TR Dizin İndeksli Yayınlar / TR Dizin Indexed Publications Collection
Show simple item record



CORE Recommender

Page view(s)

108
checked on Dec 16, 2024

Google ScholarTM

Check





Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.