İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlamayan RNA’ların belirlenmesi ve fonksiyonel karakterizasyonu

Abstract

Apoptoz birçok hücresel fonksiyonların saglıklı yürütülmesi için oldukça önemlidir. Apoptoz hızındaki azalmalar kanser ve otoimmun hastalıklara, hızlanma ise akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Hücresel homeostazın saglanmasında görev yapan apoptozun düzenlenmesinde rol oyanan bir dizi protein ve mikroRNA bilinmesine ragmen, apoptozun düzenlenmesinde rol oyanan protein kodlamayan bu RNA?lar (uzun kodlamayan RNA, ukmRNA) tam bilinmemektedir. Apoptozun düzenlenmesinde rol oynayan ukmRNA?ları belirlemek için bu çalısmada HeLa hücreleri model olarak kullanılmıstır. Intrinsik ve ekstrinsik apoptotik yolagın her biri ikiser ayrı ajan ile aktive edilmistir. Yolakların aktivasyonu sonrası izole edilen RNA?lar derin sekans analizine tabi tutuldugunda, ukmRNA?ların ligand tipine baglı olarak farklı profil sergiledigi gözlemlenmistir. Ifadelerinde farklılık tespit edilen 4 aday ukmRNA?nın susturulması HeLa hücrelerinin apoptoz oranlarında artısa yol açmıstır. Ilginç bir sekilde aday ukmRNA ifadesi ile antisense oldukları kodlayan gen ifadesi arasında ters bir korelasyon belirlenmistir. Aday ukmRNA?ların susturulmasının apoptotik sinyal ileti yolaklarına olan etkilerini belirlemek için bu hücrelerde ikinci bir RNA-seq çalısması yapılmıstır. Bu çalısma, özellikle GTF2A1-AS susturulmasının apoptotik genlerin ifadesinde degisime yolaçtıgını göstermistir. Sonuç olarak, HeLa hücrelerinde apoptozu düzenleyen yeni bir ukmRNA tespit edilmis ve fonksiyonel olarak karakterize edilmistir