Please use this identifier to cite or link to this item: https://hdl.handle.net/11147/11650
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.advisorBedir, Erdal-
dc.contributor.authorÇömlekçi, Yiğit Egeen_US
dc.date.accessioned2021-11-09T07:27:37Z-
dc.date.available2021-11-09T07:27:37Z-
dc.date.issued2021-07en_US
dc.identifier.citationÇömlekçi, Y. E. (2021). Docking studies on selected sapogenins targeting androgen and estrogen receptors. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkeyen_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/11650-
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Bioengineering, Izmir, 2021en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves. 97-105)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.description.abstractNatural products have been used in the treatment of various diseases in history, and they are still in use today. Sapogenins are natural products derived from plant and animal sources that also have numerous biological activities. Furthermore, some sapogenins have been found to be active in common cancers such as prostate and estrogen alpha-mediated breast cancer and exert their effects via the androgen and estrogen receptors. For this reason, identifying alternative ligands for these receptors may aid in enhancing the benefits or avoiding adverse effects. Traditional or advanced molecular screening techniques are available with their respective applications. However, these applications have some limitations, such as being complicated and costly or requiring a significant amount of time due to the large number of molecules involved. With advancements in technology, in-silico methods such as molecular docking have developed into a highly accurate and cost-effective method for high throughput screening. Additionally, rapid and high-quality in-silico visualization of docked ligands and their interactions serves as a preliminary step toward determining structure-activity relationships. The molecular docking method was used in this study to identify novel androgen and estrogen receptor ligands, and to evaluate the structure-activity relationship of sapogenin molecules, which were selected from our research group's molecule library. Moreover, the Swiss Target Prediction web service was used to determine the probability of bindings prior to molecular docking. The molecular docking results demonstrated that nine of the selected sapogenins were more bindable to the androgen receptor than testosterone, whereas another nine were found to be more bindable to the estrogen receptor than estradiol. Additionally, immunoblotting was utilized to validate the activity of several molecules by examining their effects on PSA levels for androgen receptor binding.en_US
dc.description.abstractDoğal ürünler tarih boyunca çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılmış ve günümüzde de kullanılmaktadır. Sapogeninler, aynı zamanda çok sayıda biyolojik aktiviteye sahip olan bitki ve hayvan kaynaklarından elde edilen doğal ürünlerdir. Ayrıca, bazı sapogeninlerin prostat ve östrojen alfa aracılı meme kanseri gibi yaygın kanserlerde aktif oldukları ve etkilerini androjen ve östrojen reseptörleri aracılığıyla uyguladıkları bulunmuştur. Bu nedenle, bu reseptörler için alternatif ligandların belirlenmesi, faydaların arttırılmasına veya olumsuz etkilerden kaçınılmasına yardımcı olabilir. Geleneksel veya gelişmiş moleküler tarama teknikleri, ilgili uygulamalarıyla birlikte mevcuttur. Bununla birlikte, bu uygulamaların karmaşık ve maliyetli olması veya çok sayıda molekül içermesi nedeniyle önemli miktarda zaman gerektirmesi gibi bazı sınırlamaları vardır. Teknolojideki gelişmelerle birlikte, moleküler yerleştirme gibi in-siliko yöntemler, yüksek verimli tarama için son derece doğru ve uygun maliyetli bir yönteme dönüşmüştür. Ek olarak, kenetlenmiş ligandların ve bunların etkileşimlerinin hızlı ve yüksek kaliteli in-siliko görselleştirilmesi, yapı-aktivite ilişkilerinin belirlenmesine yönelik bir ön adım olarak hizmet eder. Bu çalışmada, araştırma grubumuzun molekül kütüphanesinden seçilen yeni androjen ve östrojen reseptör ligandlarını belirlemek ve sapogenin moleküllerinin yapı-aktivite ilişkisini değerlendirmek için moleküler docking yöntemi kullanılmıştır. Ayrıca, moleküler yerleştirmeden önce bağlanma olasılığını belirlemek için Swiss Target Prediction web hizmeti kullanılmıştır. Moleküler yerleştirme sonuçları, seçilen sapogeninlerden dokuzunun androjen reseptörüne testosterondan daha fazla bağlanabildiğini, diğer dokuzunun ise östrojen reseptörüne estradiolden daha fazla bağlanabildiğini gösterdi. Ek olarak, androjen reseptörü bağlanması için PSA seviyeleri üzerindeki etkilerini inceleyerek birkaç molekülün aktivitesini doğrulamak için immünoblotlama kullanılmıştır.en_US
dc.format.extentix, 105 leavesen_US
dc.language.isoenen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technologyen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectReceptorsen_US
dc.subjectSapogeninsen_US
dc.subjectAndrogen receptoren_US
dc.subjectEstrogen receptoren_US
dc.subjectMolecular dockingen_US
dc.titleDocking studies on selected sapogenins targeting androgen and estrogen receptorsen_US
dc.title.alternativeAndrojen ve östrojen reseptörlerini hedefleyen seçilmiş sapogeninler üzerinde doking çalışmalarıen_US
dc.typeMaster Thesisen_US
dc.authorid0000-0002-5836-585Xen_US
dc.departmentIzmir Institute of Technology. Biotechnology and Bioengineeringen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.contributor.affiliationIzmir Institute of Technologyen_US
item.cerifentitytypePublications-
item.openairetypeMaster Thesis-
item.languageiso639-1en-
item.openairecristypehttp://purl.org/coar/resource_type/c_18cf-
item.grantfulltextopen-
item.fulltextWith Fulltext-
crisitem.author.dept01. Izmir Institute of Technology-
Appears in Collections:Master Degree / Yüksek Lisans Tezleri
Files in This Item:
File Description SizeFormat 
10412720.pdfMaster Thesis2.49 MBAdobe PDFView/Open
Show simple item record

CORE Recommender

Page view(s)

174
checked on Jan 30, 2023

Download(s)

96
checked on Jan 30, 2023

Google ScholarTM

Check


Items in GCRIS Repository are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.