NRAV Uzun Kodlamayan RNA'sının NRAs Mutant Melanomunda Tip-1 İnterferon Yanıtındaki Rollerinin İncelenmesi ve Uzun Kodlamayan RNA İfade Örüntülerinin Kanserde Hayatta Kalımla İlgisinin Araştırılması

Abstract

Deri kanseri (melanom), bağışıklık tepkilerinden kaçma yeteneğiyle bilinen agresif bir cilt kanseridir. Tip I interferonlar (IFN'ler) (IFN-A/B), antitümör bağışıklığını artırmada önemli bir rol oynar, ancak bu yolağın melanomdaki uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar) tarafından düzenlenmesi yeterince anlaşılmamıştır. NRAV (Antiviral Yanıtın Negatif Düzenleyicisi, Negative Regulator of Antiviral Response), daha önce viral enfeksiyon sırasında IFN ile uyarılan genleri (IFN stimulated genes, ISG'ler) baskıladığı gösterilen, ancak melanom gibi kanser bağlamlarında karakterize edilmeyen bir lncRNA'dır. Mevcut tez çalışmasında, NRAS mutasyona uğramış SKMEL147 hücreleri kullanılarak NRAV'ın melanomdaki tip I IFN sinyallemesi üzerindeki etkisini araştırmak amaçlanmıştır. Bulgular, NRAV aşırı ifadesinin erken zaman noktalarında IFN-A uyarımını takiben baskılanmış ISG (IFIT2, IFIT3, MX1), HLA-A ve PD-L1 ifadesine yol açtığını göstermektedir. NRAV aşırı ifade edilen hücreler ayrıca azalmış çoğalma ve artmış hücre ölümü sergilediler. Proteomik analizin ardından RNA çöktürme (RNA pulldown), mitofaji ve translasyonda yer alan belirgin bir NRAV'le ilişkili protein seti ortaya çıkardı ve NRAV'nin potansiyel tepkime hedeflerini vurguladı. Ek olarak, makine öğrenme algoritmaları tarafından yapılan biyoenformatik analiz, özellikle tip I IFN yanıtında bir oyuncu olan IRF9 ile birleştirildiğinde, ifadesi melanom hastalarında iyileştirilmiş veya kötüleştirilmiş sağkalımla ilişkili olan birkaç IFNA ile ilişkili lncRNA'yı tanımladı. Bu bulgular birlikte, NRAV'nin melanom ve tip I IFN yanıtındaki düzenleyici rolünü ve IFN ile ilişkili lncRNA'ların daha geniş prognostik önemini vurgulamaktadır.

Melanoma is an aggressive skin cancer known for its ability to evade immune responses. Type I interferons (IFNs) (IFN-A/B) play a significant role in enhancing the antitumor immunity, but the regulation of this pathway by long non-coding RNAs lncRNAs) in melanoma is poorly understood. NRAV (Negative Regulator of Antiviral Response) is an lncRNA previously shown to suppress IFN-stimulated genes (ISGs) during viral infection, but not characterized in cancer contexts such as melanoma. In the current thesis study, it was aimed to explore the impact of NRAV on type I IFN signaling in melanoma using NRAS-mutated SKMEL147 cells. Findings show that NRAV overexpression led to suppressed ISG (IFIT2, IFIT3, MX1), HLA-A, and PD-L1 expression following IFN-A stimulation at early time points. NRAV overexpressed cells also exhibited reduced proliferation and increased cell death. RNA pulldown followed by proteomics analysis revealed a distinct set of NRAV-associated proteins involved in mitophagy and translation, highlighting potential reactome targets of NRAV. Additionally, bioinformatics analysis by machine learning algorithms identified several IFN-A lncRNAs whose expression correlates with improved or worse survival in melanoma patients, especially when combined with IRF9, which is a player in type I IFN response. Together, these findings highlight NRAV's regulatory role in melanoma and type I IFN response and the broader prognostic significance of IFN-related lncRNAs.