IZTECH GCRIS Premium Database
The scientific memory of Izmir Institute of Technology. Publications, projects, and researchers—all in one place. The heart of open science beats here. 'Open Science. Visible Impact.'
Most Viewed Publications
Most Downloaded Publications
Recent Submitted Publications
Alfa-Ketoglutaratın Maya (Saccharomyces Cerevisiae) Yaşlanması Üzerindeki Etkilerinin Proteomik Yaklaşımla Belirlenmesi
(2025) Yayla, Dilay; Karakaya, Hüseyin Çağlar; Demir, Ayşe Banu
Alfa-Ketoglutarat, hücre metabolizmasını, bazı amino asitlerin biyosentezini, kolajen sentezini, histon demetilasyonuyla epigenetik regülasyonu etkileyen bir metabolittir. AKG'nin yaşlanmayla ilişkisi üzerine farklı organizmalar kullanılarak araştırmalar, AKG'nin yaşlanmayı geciktirdiğini keşfetmiştir. Bu çalışmalar içinde genomik düzeydeki değişikliklere ya da AKG'ye bağlı spesifik proteinlerin seviyelerindeki değişikliklere yönelik çalışmalar olmasına rağmen tüm protein profili üzerine yapılmış kapsamlı bir proteomik çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmada, AKG uygulamasının maya hücrelerinin tüm protein profiline etkisini analiz ederek, hücresel düzeydeki etki mekanizmasının araştırılması amaçlanmıştır. Kontrol ve AKG uygulanmış maya hücrelerinin protein profilleri, LC-MS/MS analizi yapılarak incelenmiş, Proteome Discoverer LFQ modülüyle protein ifade farklılıkları analiz edilmiştir. Ham proteomik veriler filtrelenmiş ve 40 adet upregüle olmuş protein tespit edilmiştir. Bu proteinler moleküler fonksiyonlarına göre gruplandırıldığında, sürekli ekspresyon gösteren proteinlerin RNA bağlanması, transferaz, hidrolaz ve oksidoredüktaz fonksiyonları olduğu gözlemlenmiştir. Bu durum, AKG'nin metabolik aktiviteler, enerji üretimi, stres karşı direnç ve büyüme düzenlemesi üzerinde etkisi olduğunu düşündürmektedir. Alfa, alfa-trehaloz-fosfat sentazi, AP-1-benzeri transkripsiyon faktörü gibi yaşlanma ve stress direncini olumlu yönde etkileyen proteinler AKG uygulanmasının sonucunda upregüle olmuştur. Fakat, önceki Drosophila melanogaster, fare, ve insan üzerine yapılan genomik çalışmalarında otofaji ve mTOr gibi yaşlanma alakalı genler tespit edilmesine rağmen bizim proteomik çalışmamızda bu tür genlere rastlanmamıştır.
Türkiye 'de Bölgesel Ekonomik Dirençliliğin CBS Tabanlı Mekansal Regresyon Analizi: Kent- Kır Bağlamında Ampirik Bir Araştırma
(2025) Gökhan, Berfin Karabakan; Duran, Hasan Engin
Bölgesel ekonomik dirençlilik, literatürde büyük ilgiyle tartışılan bir kavramdır. Ekonomik dirençlilik, genel olarak iç ve dış krizlere maruz kalan bir ekonomik yapının zarar görmeden işlevini sürdürebilme ve zaman içinde hızla toparlanabilme yeteneğini ifade eder. Birçok ampirik çalışma dirençliliğin düzeyine ve belirleyicilerine odaklanmıştır. Öte yandan, öne çıkan bir diğer yaklaşım ise kentsel-kırsal kategorizasyonu çerçevesinde yürütülen analizlerdir. Ancak kentsel-kırsal ayrımındaki bölgesel farklılıkların dirençlilik bağlamında henüz yeterince incelenmemiş olması dikkat çekicidir. Bu tezin amacı kentsel, kırsal ve ara bölgelerin farklı direnç ve toparlanma davranışlarını ve belirleyicilerini araştırmaktır. Çalışmanın veri seti, Türkiye'nin 973 ilçesinde 2018 döviz krizi ve Covid 19 salgınını içeren 2018-2023 dönemini kapsamaktadır. Bu bağlamda, çeşitli ampirik analizler (mekansal ve mekansal olmayan regresyon analizleri) yürütülmüştür. Analiz sonucunda iki temel bulgu ortaya çıkmıştır. Birincisi, yarı kentsel alanlar en dirençli, mega-kentsel bölgeler en kırılgan gruptur. Dahası, kırsal ve kentsel bölgeler daha ortalama bir davranış sergilemektedir. İkincisi ise, bölgelerin ekonomik dirençlilik belirleyicileri kentsel kategorilere özgüdür. Ekonomik çeşitlilik ve yapı, kırsal ve yarı kentsel alanlar için kritik öneme sahiptir. Demografik yapı ve beşeri sermaye kentsel bölgeler için önemlidir ve ticaret açıklığı mega-kentsel alanlar için kritik öneme sahiptir. Sonuç olarak, her kentsel grubun farklı özelliklere sahip olması yerele özgü politikaların geliştirilmesini gerektirir.
Daha Etkili Aşı, Anti-viral Molekül ve Survilans Geliştirilmesi için Rekombinant ve Rekombinant Olmayan Omicron-SARS-CoV-2 Alt Soylarının Moleküler Evrimlerinin Biyoinformatik ve İstatistiksel Yöntemlerle Analizi
(2025) Arlı, Meliscan; Sezgin, Efe; Eraltuğ, Nur Başak Sürmeli
COVID-19'un ortaya çıkmasıyla birlikte SARS-CoV-2 virüsü birçok değişim geçirmiştir ve bunun sonucunda Alfa, Beta, Gama, Delta ve Omikron gibi çeşitli varyantlar ortaya çıkmıştır. Şu anda tespit edilen varyantların hepsi Omikron varyantına aittir ve en yüksek bulaşıcılık ile bildirilen varyant olma özelliğini sürdürmektedir. Bunun yanında, rekombinant suşlar da virüsün evriminde ve genetik çeşitlilik sağlamada önemli bir yere sahiptir. Hipotezimiz, Omikron rekombinant suşlarının ebeveynlerine göre farklı bir evrimsel süreçten geçtiğini popülasyon genetiği ve moleküler evrim analizleri yaparak göstermektir ve bu sayede pandemiye yol açabilecek bu suşlara karşı aşı/ilaç veya sürvilans metotları geliştirilmesine katkıda bulunmaktır. Bu doğrultuda, uygulanan testler ve analizlerden elde edilen bulgulara göre 8 rekombinantın çoğunda negatif seçilimin etkili olduğu görülmüştür. Gözlemlenen mutasyonların çoğu Spike gen bölgesinin RBD kısmındadır ve bunların immün kaçışı sağlayan ve enfeksiyonu etkileyen mutasyonlar olduğu bulunmuştur. Ayrıca, Spike gen bölgesindeki sinonim olmayan değişimlerin ve negatif Tajima, Fu ve Li değerlerinin suşların ortadan kaybolmasına katkıda bulunduğu ortaya çıkarılmıştır. Spike bölgesinin en korunmuş bölgelerden olması ve yapılan analizler sonucunda rekombinant suşlarla ilgili önemli bulgular vermesine dayanarak Spike geninin rekombinant suşlarda aşı/ilaç, sürvilans metotları geliştirmede potansiyel hedef olabileceği öngörülmektedir.
Üniversite Kampüs Binalarında Enerji Verimliliği ve Görsel Konforun Hedeflenmesi: Adaptif ve Adaptif Olmayan Gölgelendirme Sistemleri Optimizasyonu Üzerine Karşılaştırmalı Bir Çalışma
(2025) Avcı, Pelin; Ekici, Berk; Kazanasmaz, Zehra Tuğçe
Üniversite binaları, sosyal, idari ve eğitim amaçlı kullanıldıkları için yüksek enerji tüketimine sahiptir. Özellikle mimari stüdyolarda kullanıcıya hitap eden ve işlevsel çalışma alanları yaratma gereksinimi de bu talepleri artırmaktadır. Statik cepheler değişen çevresel koşullara ve bina sakinlerinin konfor ihtiyaç ve davranışlarına cevap vermede başarısız olduğundan çevre ve kullanıcı taleplerine göre adapte olabilen çözümlere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu çalışmanın odak noktası, İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü'ndeki mimarlık stüdyolarında görsel konforunu ve enerji verimliliğini artırmak için gölgeme cihazlarının iyileştirilmesidir. Cephe konfigürasyonları ve performans göstergeleri üzerinden adaptif ve adaptif olmayan gölgeleme cihazlarının performans etkilerini anlamak için 103 çalışmanın kapsamlı bir literatür analizi ile başlayan karma bir yöntem yaklaşımı kullanılmıştır. Çalışmada daha sonra Grasshopper, Honeybee ve Radiance araçları kullanılarak üniversite stüdyo alanının parametrik bir modeli oluşturulmuş ve aydınlatma enerjisi kullanımı, gün ışığından faydalanma ve kamaşma gibi 3 performans unsuru ele alınmıştır. Octopus, saatlik ve mevsimsel senaryolar için en iyi cephe konfigürasyonlarını belirlemek amacıyla optimizasyon yapmak için seçilen yapay zekâ aracıydı. Gün ışığı otonomisi, kamaşma ve aydınlatma enerjisi tüketiminin dengelenmesi söz konusu olduğunda, uyarlanabilir gölgeleme cihazlarının statik sistemlerden daha iyi performans gösterdiğini ortaya koymuştur. Adapte olabilen çözümler tüm mevsimlerde aydınlatma enerjisi tüketimini azaltmış, gün ışığı otonomisini %20'ye kadar iyileştirmiş ve en yoğun saatlerde kamaşma olasılığını rahatsızlık sınırlarının altına %5 düşürmüştür; bu sistemler aydınlatma enerjisi tüketimini toplamda %15 oranında azaltmıştır. Sonuçlar, kullanıcı ve, performans odaklı adapte olabilen cephe sistemlerinin konforlu ve sürdürülebilir öğrenme alanları sağlamak için ne kadar iyi çalıştığını vurgulamaktadır.
Yeni Çift Düzlem-Simetrili Çift-Küresel 6R Katlanabilir-Plaka Ağlarının Geliştirilmesi
(2025) Gür, Şebnem; Korkmaz, Koray
Katlanmış-plak strüktürler, daha az malzeme ihtiyacı ve ek kaplama/giydirme gerektirmemesi nedeniyle daha hafif, daha hızlı ve daha ucuz bir inşa sunar. Katlanabilir-plak sistemleri, katlanmış-plakların bu avantajlarına ek olarak hareket kabiliyeti de sağlayarak tasarıma sürdürülebilirlik ve uyarlanabilirlik kazandırır. Ancak, pek çok parçadan oluşmaları veya hareketlerinin hesaplanmasını ve kontrolünü önemli ölçüde zorlaştıran birden fazla serbestlik-derecesine(SD) sahip olmaları nedeniyle mimaride yaygın değildirler. Bu tezin amacı, tek SDye sahip yeni katlanabilir-plak ağları oluşturmaktır. Bennett tarafından tanımlanan çift küresel 6R ünitesi, tek-SD ve düz-katlanırlık olmak üzere çeşitli özellikleri nedeniyle modül olarak seçilmiştir. Analiz, modülün geometrik ve kinetik özelliklerinin tanımlanmasıyla başlar. Değişkenler ve yapısal parametreler belirlenir. Hem değişkenlere hem de yapısal parametrelere çeşitli değerler verilerek sonuçlar incelenir. Bağlantılar arasındaki açılar ve mesafeler geometrik olarak analiz edilir ve parametrik bir model oluşturulur. Sonraki aşamada, modül simetri işlemleri kullanılarak çoğaltılırken, oluşturulan ağlarda modüllerin elemanları birleştirilerek tek-SD korunur. Tüm olası ağların geometrik ve kinematik özellikleri incelenir ve kısıtlar belirlenir. Malzeme seçimi ve yük taşıma kapasitesinin hesaplanması gibi uygulamaya yönelik koşullar, her uygulama için büyük ölçüde farklılık gösterdiğinden, çalışmanın kapsamına alınmamıştır. Ortaya çıkan ağlar, yatay ve düşey yönlerde hem düz hem de eğrisel açılım, çift eğrilik ve dönüşler dahil olmak üzere geniş bir hareket kapasitesi sunar. Ağlar ayrıca geniş bir form yelpazesi de sunar. Son kısımda, vaka çalışmaları olarak, gelecekteki mimari kullanımlar için bazı ön tasarımlar sunulmaktadır.