02. Fen Fakültesi / Faculty of Science

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/11147/4

Browse

Now showing 1 - 20 of 373

Citation - WoS: 6
Citation - Scopus: 10
1/F Noise in Hydrogenated Amorphous Silicon-Germanium Alloys
(Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2003-08) Johanson, Robert E.; Güneş, Mehmet; Güneş, Mehmet; Kasap, Safa O.; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Measurements were made of conductance noise of a-Si:H and a-Si 1-xGex:H in two different geometries: one where the current flow is transverse to the surface and the other where it is longitudinal to the surface. Because of the large change in sample resistance between the two geometries, it was not possible to measure both geometries at the same temperature. For both geometries, alloyinzg with up to 40% Ge reduces the noise magnitude by several orders of magnitude over that found in a-Si:H. The decrease is incompatible with several popular noise models. Extrapolating the temperature trends for each geometry shows that it is possible that the noise observed in the transverse samples has the same origin as the higher frequency part of the double power law spectra observed in the longitudinal samples.
Citation - WoS: 15
Citation - Scopus: 14
1/F-noise Study of Undoped Intrinsic Hydrogenated Amorphous Silicon Thin Films
(American Physical Society, 1999) Güneş, Mehmet; Güneş, Mehmet; Johanson, Robert E.; Kasap, Safa O.; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Conductance fluctuations in four samples of undoped intrinsic hydrogenated amorphous silicon (a-Si:H) were measured in the temperature range of 450 K to 500 K and for frequencies from 2 Hz to 3 kHz. The noise spectra divide into two regions that each fit a 1/fα power law but with different slope parameters α and different temperature dependences. At low frequencies, α is greater than unity and increases with temperature. At high frequencies, α is near 0.6 and temperature independent, but the noise magnitude decreases rapidly with temperature. We infer from the different dependences on temperature that the noise is generated by two independent mechanisms operating simultaneously in a-Si:H. We also observe that the 1/f noise exhibits a quadratic dependence on bias current and Gaussian statistics.
5-Sübstitüentli alpha,beta -doymamış laktonların sentezlenmesi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
(2009) Çağır, Ali; Kasaplar, Pınar; Akçok, İsmail; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
5,6-dihidro-2H-pyran-2-on yapısını içeren birçok doğal ürünün çeşitli biyolojik aktivitelere sahip olduğu bilinmektedir. Bunların en ilginçlerinden olan goniothalamin sağlıklı hücreler üzerinde minimal etkiye sahipken kanserli hücrelerde sitotoksik etkisi olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada goniothalaminin stiril sübstitüentinin 2-naftil grubuyla yerdeğiştirilmesiyle oluşacak konformasyonel olarak sınırlandırılmış molekülün (R)- ve (S)- enansiyomerleri 2-naftil aldehitten başlanarak literaturde bilinen yöntemlerle asimetrik olarak sentezlenmiş, PC-3, MCF-7, DU-145 ve LNCAP kanser hücreleri üzerinde test edilmiştir. Bulgular konformasyonel olarak sınırlandırılmış R enansiyomerinin aktivite üzerinde küçük bir artış gösterdiği yönündedir. 2-Naftil grubu sitiril grubuna göre daha büyük bir grup olduğundan siterik faktörlerin aktivite üzerindeki etkilerinin incelenmeside gerekli görülmüştür.
Citation - WoS: 7
Citation - Scopus: 8
Acylation of 2-Methoxynaphthalene Over Ion-Exchanged Ss-Zeolite
(Elsevier Ltd., 2002) Kantarlı, İsmail Cem; Yılmaz, Selahattin; Artok, Levent; Ülkü, Semra; Bulut, Hatice; Artok, Levent; Yılmaz, Selahattin; Ülkü, Semra; 03.02. Department of Chemical Engineering; 04.01. Department of Chemistry; 03. Faculty of Engineering; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Friedel-Crafts acylation of 2-Methoxynaphthalene was carried out over various ion-exchanged β zeolites (Mn+β, where Mn+: In3+, Zn2+, Al3+, Fe3+, La3+) with various anhydride (acetic, propionic and benzoic anhydrides), or acyl chloride (acetyl, propionyl and benzoyl chlorides) acylating reagents. The results suggested that selectivity towards the 6-substituted products was higher with the larger size anhydrides, propionic and benzoic anhydrides. The metal cation type within the zeolite significantly influenced the extent of conversion and product distribution. That La3+ exchanged zeolite displayed higher selectivity for the 6-position acylated product with anhydrides ascribed mainly to narrowing of channels by the presence of La(OH)2+ ions that leave no room for the formation of more bulky isomeric forms and to enhanced Bronsted acidity of the zeolite. With acyl chlorides, the recovery of ketone products was found to be remarkably low. 1-Acyl-2-methoxynaphthalenes actively underwent deacylation when acyl chlorides were used as the acylation reagent.
Adsorpsiyon ile Virüslerin Giderilmesine İlişkin Bir İnceleme
(Gazi Üniversitesi, 2021) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sıla; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
2020 yılında Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinden neredeyse tüm ülkelere yayılan Covid-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu)’un potansiyel tehlikeleri, dünya çapında bilim insanlarının ilgi odağı olmuştur. Covid-19’un pnömoniden ağır akut solunum yolu enfeksiyonlarına ve böbrek yetmezliğinden ölüme kadar uzanan ciddi etki süreçleri milyonlarca insan için tehdidini sürdürmektedir. Ortaya çıkan yeni viral enfeksiyonlarda uygun tedavi protokollerinin geliştirilmesi için pandemik türlerin izolasyonu büyük önem arz etmektedir. Bunun için yeni yöntemlerin yanında mevcut yöntemlerin de geliştirilmesi gereklidir. Virüsler doğada canlı formda bulunmazlar ve genetik materyalini aktarabilmek için başka canlılara ihtiyaç duyarlar. Ayrıca izole edilmiş yüzeylerde hızla inaktif hale getirilebilirler. Bu yönüyle su kaynakları ve hava en önemli iletim vasıtaları olarak karşımıza çıkmaktadır. Virüslerin yayılmasının önüne geçmede ve onları etkisiz hale getirmede iletim vasıtalarına yönelik adsorpsiyon işlemleri uygulanabilmektedir. Bu derlemede, virüslerin karbonlu, oksitli, gözenekli materyaller ve metal organik kafes yapıları içeren çeşitli adsorbanlarla etkileşimleri incelendi. Su ve hava arıtmasında kullanılan adsorbanların hedef türleri adsorplama işlemlerinde elektrostatik etkileşimlerin daha etkili olduğu belirlendi. Virüs yüzeyinin çeşitli organik fonksiyonel grupları taşıması nedeniyle farklı adsorbanlar ile elektrostatik etkileşime geçeceği ve bu şekilde de onların uzaklaştırılarak hem izole edilmesi hem de etkisiz hale getirilmesi mümkün görülmektedir. Çalışmamızın Koronavirüsler dahil diğer patojenlerin hava ve su kaynaklarına uygulanacak adsorpsiyon işlemleri ile yayılmalarının engellenmesine ve belirtilen iletim vasıtalarının dezenfekte edilmesine yönelik etkili çözümlere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Afrika yeşil maymunu CV-1 hücre hatlarında, HIV-1 tat proteini varlığında üretilen SLPI proteininin insan hücre hatlarındaki üretiminin incelenmesi ve HIV-1 LTR promotoruna etkisinin araştırılması
(2017) Arslanoğlu, Alper; Koç, Ahmet; Karakaya, Hüseyin Çağlar; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Projemiz, HIV-1 enfeksiyonuna dirençli oldukları bilinen Afrika Yeşil Maymunu hücrelerinde daha önce varlığı tespit edilmemiş HIV-1 engelleyici protein veya proteinlerin varlığını araştırmayı amaçlamıştır. Söz konusu proteinlerin hücre içi bağışıklık mekanizmaları tarafından virüs varlığının algılanmasından sonra üretilmesi ihtimali göz önüne alındığında, HIV-1 ile enfekte olan hücrelerde ilk üretilen iki viral proteinden birisi olan Tat proteininin varlığı virüs enfeksiyonunun belirteci olabileceği düşünülmüştür. Bu bağlamda, iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi ve kütle spektrometrisi kullanılarak yapılan proteomik ön çalışmalarımız, ardından da proje kapsamında yaptığımız Western blot ve gerçek zamanlı PZR çalışmaları neticesinde, maymun hücrelerinde SLPI proteininin HIV-1 Tat varlığında arttığı, ancak insan hücrelerinde herhangi bir değişiklik olmadığı gözlenmiştir. SLPI proteininin, Reporter gen kullanımıyla yapılan trankripsiyon transaktivasyon analizleri neticesinde HIV-1 promotoru üzerine baskılayıcı etkisi olduğu anlaşılmış, enfeksiyon deneylerinde de HIV-1 üretimini belirgin olarak azalttığı gösterilmiştir.
The Aggregatibacter Actinomycetemcomitans Heat Shock Protein Groel Interacts Directly With Human Peripheral Blood T Cells
(TÜBİTAK, 2016) Nalbant, Ayten; Nalbant Aldanmaz, Ayten; Saygılı, Tahsin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Heat shock family protein GroEL of Aggregatibacter actinomycetemcomitans (Aa) has antigenic properties. We previously demonstrated that A. actinomycetemcomitans GroEL-like protein affects human CD4 T cells by converting them into IL-10 and IFNg double cytokine producing Tbet+ Th1 cells. The objective of this study was to investigate whether or not AaGroEL communicates with T cells directly. To do this, sorted cells from peripheral blood mononuclear cells were stimulated with AaGroEL for 48 h. Flow cytometry was used to measure soluble and intracellular cytokine expression in the cell cultures and detect TLR2 expression on the surface of T cells. Expression of six different soluble cytokines was evaluated by CBA assay. To determine whether AaGroEL affects CD3+ T cells directly or not, purified CD3+ T cells or CD14+ cells were cultured with AaGroEL separately, and the quantity of soluble cytokine was measured. Results showed that sorted CD3+ cells produced soluble IL-6, TNFα-and IFNγ cytokines. Additionally, the intracellular cytokine staining data showed that AaGroEL-stimulated CD3+ cells were also TNFα-and IFNγ-positive. Moreover, AaGroEL-responsive T cells slightly increased their TLR2 expression. These findings suggest that CD3+ T cells produce cytokines in response to AaGroEL protein without requirements for other cells, such as CD14+ monocytes.
Citation - Scopus: 38
Agrobacterium Rhizogenes-Mediated Transformation and Its Biotechnological Applications in Crops
(Springer Verlag, 2013) Özyiğit, İbrahim İlker; Doğan, İlhan; Doğan, İlhan; Artam Tarhan, Ebru; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
The history of Agrobacterium-related plant biotechnology goes back for more than three decades with the discovery of molecular mechanisms of crown gall disease in plants. After 1980s, gene technologies began developing rapidly and today, related with the improved gene transfer methods, plant biotechnology has become one of the most important branches in science. Till now, the most important genes related with agricultural affairs have been utilized for cloning of plants with the deployment of different techniques used in genetic engineering. Especially, Agrobacterium tumefaciens was used extensively for transferring desired genetic materials to plants rapidly and effectively by the researchers to create transgenic plants. Recognition of the biology of Agrobacterium species and newly developed applications of their T-DNA systems has been a great step in plant biotechnology. This chapter provides the reader with extensive information on A. rhizogenes which is responsible for the development of hairy root disease in a wide range of dicotyledonous plants and its T-DNA system. This knowledge will be useful in improving utilization of crops and the formulation of new and up-graded transgenic based food products.
Akışkan-yapı etkileşimi problemlerinde birleşik sayısal/asimtotik algoritmalar: baraj yıkımı ile oluşan akış ve diğer uygulamalar
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Korobkin, Alexander; Iafrati, Alessandro; Yılmaz, Oğuz; Neslitürk, Ali İhsan; Çiçek, Barış; Kaya, Adem; Isıdıcı, Damla; 04.02. Department of Mathematics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Baraj güvenliği ile ilgili ilk yasa acil durumlarda uygulanmak üzere Fransa’da 1968 yılında çıkmıştır. Günümüzde daha büyük barajların yapılması ile daha yeni düzenlemeler getirilmiştir. Baraj güvenliği acil eylem planı şunları içerir; potansiyel risklerin tespiti, bu riskleri önleyecek önlemlerin alınması, yerel yönetimlerin acil durumlardaki sorumluluk tanımı ve bilginin halka iletilmesi. Günümüzde baraj operatörlerinin acil eylem planı ışığında baraj yapılmadan önce risk değerlendirme çalışması yapması gerekmektedir. Baraj yıkıldıktan sonraki ilk 15 dakika içinde selin ulaşamadığı en yakın güvenli bölgeyi ve selin ulaşabileceği en uzak alanın tesbiti bu risk değerlendirmeleri içerisindedir.
Alkenil Oksiranların Organoborlar ile Paladyum Katalizli Tepkimeleri: 4-aril Ya Da 4-alkenil Sübstitüye Allil Alkollerin Sentezinde Regio ve Stereo Seçimli Bir Yöntem
(2016) Artok, Levent; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Bu proje kapsamında laboratuvarda sentezlenen alkenil epoksitlerin organoborlar ile rodyum ve paladyum katalizli tepkimeleri gerçekleştirilmiştir. Paladyum katalizli tepkimeler yüksek regio-seçimlilikte gerçekleşerek başlıca 1,4 katılma ürünü olan arillenmiş ya da alkenillenmiş allil alkol (3) türevlerini oluşturmuştur. 1,2 Katılma ürünü olan homoallil alkol (4) türevleri ise genellikle düşük miktarlarda oluşan yan ürünlerdir. Her iki regio-izomer tipi kolon kromatografisi ile ayrılabilmektedir. Ayrıca tepkimeler yüksek stereo-seçimlilik göstermiştir. Genellikle ürünlerin diastereomerik oranı >20:1 olarak saptanmıştır. Epoksit uç karbonunun serbest ve korunmasız bir karbinol grubunun bulunmasının tepkime regio-seçimliliği için gerekli olduğu saptanmıştır. Ayrıca literatürde nadir olarak uygulama alanı olan trifenil arsin ligandının yöntemin regio ve stereo seçimliliğinde fosfin ligandlarına kıyasla çok daha etkin olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte rodyum katalizörü ile de yüksek seçimlilikte arzu edilen ürün elde edilse de tepkime verimliliği yeterli bir mertebeye ulaşamamıştır.
Alkenilboron bileşiklerin rodyum katalizli C-H aktivasyon/karbonilasyon prosesleri ile indenon ve indanon yapılarının sentezi
(2012) Artok, Levent; 04.01. Department of Chemistry; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Boron ya da halojenür gruba göre vicinal alkenyl karbonunda aril grubu içeren alkenilboron ya da alkenil halojenür bileşikleri CO ya da alkinler ile rodyum ve paladyum katalizli tepkimeleri gerçekleştirilmiştir. Alkenilmetal yapılarının arilboronların ve aril halojenürlerin geçiş metal katalizli annulasyon tepkimelerinde elzem ara yapılar olarak önerilmesi nedeniyle alkenil reaktiflerin alkenilmetal yapılarına dönüşmeleri, alkenilmetalların CO ya da alkin bileşiklerine katılması ve sonrasında C-H aktivasyonu ile annule ürünler vermesi beklenmektedir. Alkenilboronların rodyum katalizli tepkimleri annule ürünleri oluşturmuştur. Ancak bu oluşum ile birlikte deboronilasyon ve diğer yan ürünleri de meydana gelmiştir. Alkenil bromürler oksidatif paladyum katalizli tepkimelere reaktif davranmamıştır. Ancak bir alkenil iyodür oligomerik ürünler vermiştir. Bu çalışmanın bulguları önceki annulasyon tepkimelerinde alkenilmetal yapılarının rolünü vurgulayan yorumları sorgulamaktadır.
Citation - WoS: 14
Citation - Scopus: 16
Altered Cellular Localization and Hemichannel Activities of Kid Syndrome Associated Connexin26 I30n and D50y Mutations
(BioMed Central Ltd., 2016-02) Aypek, Hande; Meşe Özçivici, Gülistan; Bay, Veysel; Meşe Özçivici, Gülistan; Meşe, Gülistan; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Background: Gap junctions facilitate exchange of small molecules between adjacent cells, serving a crucial function for the maintenance of cellular homeostasis. Mutations in connexins, the basic unit of gap junctions, are associated with several human hereditary disorders. For example, mutations in connexin26 (Cx26) cause both non-syndromic deafness and syndromic deafness associated with skin abnormalities such as keratitis-ichthyosis-deafness (KID) syndrome. These mutations can alter the formation and function of gap junction channels through different mechanisms, and in turn interfere with various cellular processes leading to distinct disorders. The KID associated Cx26 mutations were mostly shown to result in elevated hemichannel activities. However, the effects of these aberrant hemichannels on cellular processes are recently being deciphered. Here, we assessed the effect of two Cx26 mutations associated with KID syndrome, Cx26I30N and D50Y, on protein biosynthesis and channel function in N2A and HeLa cells. Results: Immunostaining experiments showed that Cx26I30N and D50Y failed to form gap junction plaques at cell-cell contact sites. Further, these mutations resulted in the retention of Cx26 protein in the Golgi apparatus. Examination of hemichannel function by fluorescent dye uptake assays revealed that cells with Cx26I30N and D50Y mutations had increased dye uptake compared to Cx26WT (wild-type) containing cells, indicating abnormal hemichannel activities. Cells with mutant proteins had elevated intracellular calcium levels compared to Cx26WT transfected cells, which were abolished by a hemichannel blocker, carbenoxolone (CBX), as measured by Fluo-3 AM loading and flow cytometry. Conclusions: Here, we demonstrated that Cx26I30N and D50Y mutations resulted in the formation of aberrant hemichannels that might result in elevated intracellular calcium levels, a process which may contribute to the hyperproliferative epidermal phenotypes of KID syndrome.
Altın katalizörlüğünde enantiyoseçici eklenme/halkalaşma tepkimeleri
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2013) Emrullahoğlu, Mustafa; Cantürk, Ceren; Özalp, Ragıp; Kanbur, Tuğçe; 04.04. Department of Photonics; 01. Izmir Institute of Technology; 04. Faculty of Science
Bu projede, altın katalizörleri ile organokatalizörler kullanılarak benzopiran bileşiklerinin enantiyoseçici olarak sentezlenmesi tarif edilmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında farklı alkil gruplarıyla türevlendirilmiş alkinil benzaldehit bileşikleri Sonogashira kenetlenme tepkimesi ile sentezlenmiştir. Elde edilen bileşikler farklı organokatalizörler varlığında karbonil bileşikleri ile reaksiyona girdirilip hem rasemat hem de enantiyo seçici olarak alkinil benzil alkollere dönüştürülmüştür. Çalışmanın bir sonraki aşamasında çeşitli altın katalizörleri kullanılarak halkalaştırma tepkimeleri gerçekleştirilmişitir. Optimizasyon çalışmaları sonucunda halkalaşma tepkimeleri için en uygun tepkime koşulu belirlenmiş ve bu koşul kullanılarak enantiyomerik olarak saf benzopiran bileşikleri elde edilmiştir. Yapılan her sentez sonunda elde edilen ürünler 1H NMR ve 13C NMR yöntemleriyle karakterize edilmiştir. Ayrıca rasemat ve enantiyo seçici olarak elde edilen ürünlerin enantiyomerik saflıklıkları HPLC ölçümleri ile saptanmıştır. Bunlara ek olarak enantiyoseçiciliği arttırmak amacıyla farklı organokatalizörler sentezlenmiştir. Enatiyoseçiciliği artırma çalışmalarının yanısıra katalizörlerin çözünürlük problemini ortadan kaldırmak amacıyla çeşitili yaklaşımlar ortaya konulmuştur. Projenin son aşamasında ise en uygun koşullarda eş zamanlı reaksiyon denemeleri yapılmış ve başarıyla sonuçlandırılmıştır.
Angular Momentum Loss by Magnetic Braking and Gravitational Radiation in Relativistic Binary Stars
(Proceedings of Science (PoS), 2008) Yakut, Kadri; Kalomeni, Belinda; Kalomeni, Belinda; Tout, C. A.; 04.05. Department of Pyhsics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Angular momentum loss (AML) mechanisms and dynamical evolution owing to magnetic braking and gravitational radiation in relativistic binary stars (RBS) are studied with use of physical parameters collected from the literature. We have calculated and compared AML time scales for the RBS with non-degenerate components and double degenerate (DD) systems.
Citation - WoS: 34
Citation - Scopus: 34
Anisotropic and Outstanding Mechanical, Thermal Conduction, Optical, and Piezoelectric Responses in a Novel Semiconducting Bcn Monolayer Confirmed by First-Principles and Machine Learning
(Elsevier, 2022-11) Yağmurcukardeş, Mehmet; Fazel Shojaei; Yağmurcukardeş, Mehmet; Alexander Shapeev; Xiaoying Zhuang; 04.04. Department of Photonics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Graphene-like nanomembranes made of the neighboring elements of boron, carbon and nitrogen elements, are well-known of showing outstanding physical properties. Herein, with the aid of density functional theory (DFT) calculations, various atomic configurations of the graphene-like BCN nanosheets are investigated. DFT results reveal that depending on the atomic arrangement, the BCN monolayers may display semimetallic Dirac cone or semiconducting electronic nature. BCN nanosheets are also found to exhibit high piezoelectricity and carrier mobilities with considerable in-plane anisotropy, depending on the atomic arrangement. For the predicted most stable BCN monolayer, thermal and mechanical properties are explored using machine learning interatomic potentials. The room temperature tensile strength and lattice thermal conductivity of the most stable BCN monolayer are estimated to be orientation-dependent and remarkably high, over 78 GPa and 290 W/m.K, respectively. In addition, the thermal expansion coefficient of the monolayer BCN at room temperature is estimated to be −3.2 × 10−6 K−1, which is close to that of the graphene. The piezoelectric response of the herein proposed BCN lattice is also predicted to be close to that of the h-BN monolayer. Presented results highlight outstanding physics of the BCN nanosheets.
Anormal Çalışan Yarım Kanalların Oluşmasına Yol Açan Cx26 Mutasyonları Epidermisteki Keratinosidlerin Kalsiyum İyon Dengesini Değiştirerek Bu Hücrelerin Farklılaşma Mekanizmalarını Etkiler
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Meşe Özçivici, Gülistan; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Connexin’lerin oluşturduğu gap junction’lar ve yarım kanallar insan vücudundaki deri gibi bir çok doku ve organın normal olarak faaliyetlerini devam ettirmesinde önemli görevler üstlenirler. Connexin26 mutasyonları hem sendromik olmayan sağırlığa hem de keratitis-ichthyosisdeafness (KID) sendromu gibi deri hastalıklarıyla bağlantılı sendromik sağırlığa neden olmaktadır. Sendromik sağırlığa neden olan mutasyonlar Cx26’nın yeni fonksiyonlar kazanmasına neden olmakta bunun da epidermal hücrelerin fizyolojisini nasıl etkilediği tam olarak bilinmemektedir. Bu projede, KID sendromuna neden olduğu gösterilmiş Cx26I30N, D50A, D50Y ve A88V mutasyonlarının, gap junction iletişimi bulunmayan N2A ve HeLa hücreleriyle, iletişim bulunan HaCaT insan keratinosid hücrelerinde Western blot ile proteinin yapısına, immunohistokimyasal yöntemlerle protein lokalizasyonuna, floresan boya alım deneyleriyle yarım kanal fonksiyonlarına, hücre dışındaki ATP miktarının belirlenmesiyle kanallardan hücre dışına molekül salınım kapasitelerine ve Fluo-3AM boyası ve akış sitometresiyle de kalsiyum sinyallerine olan etkileri araştırılmıştır. Buna göre mutasyonların, Cx26 protein üretimini etkilemediği fakat mutant proteinlerin daha çok hücre içinde biriktikleri ve hücre zarında gap junction plakaları oluşturmadıkları gözlenmiştir. Ayrıca hücre içinde biriken diğer mutansyonlardan farklı olarak, Cx26I30N mutasyonunun hücre içinde çoğunlukla Golgi aygıtında biriktiği gözlenmiştir. Mutant Cx26 proteinleri bulunan hücrelerin Cx26WT bulunduran hücrelere oranla daha çok neurobiotin ve ethidium bromide alımına neden oldukları gözlenmiştir. Mutasyonların hem N2A hem de HaCaT hücrelerinde hücre dışına ATP salınım miktarlarına bir etkisi olmadığı, buna karşılık her iki hücre tipinde hücre içindeki kalsiyum miktarında WTCx26’a göre 1,3 ile 2,4 kat artışa neden olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak, Cx26I30N, D50A, D50Y ve A88V mutasyonlarının diğer KID sendromu mutasyonları gibi hücrelerde sürekli aktif olan yarım kanallar yaptıkları ve hücrelerdeki kalsiyum mekanizmalarını etkiledikleri gözlenmiştir. Cx26 mutasyonları epidermiste sürekli açık bulunan yarım kanallar oluşturarak, hücre dışına saldıkları moleküllerle kalsiyum sinyallerini otokrin/parakrin sinyallerle etkileyerek keratinosidlerin çoğalma ve farklılaşma mekanizmalarında değişimlere yol açabilirler. Bu şekilde, KID sendromu hastalarında gözlenen fenotiplerden biri olan epidermisin normalden fazla kalınlaşmasına neden olabilir.
Citation - WoS: 9
Citation - Scopus: 10
An Answer To Colon Cancer Treatment by Mesenchymal Stem Cell Originated From Adipose Tissue
(Mashhad University of Medical Sciences, 2018-05) İplik, Elif Sinem; Baran, Yusuf; ERtuğrul, Barış; Kozanoğlu, İlknur; Baran, Yusuf; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Objective(s): Colon cancer is risen up with its complex mechanism that directly impacts on its treatment as well as its common prevalence. Mesenchymal stem cells (MSCs) have been considered as a therapeutic candidate for conventional disease including cancer. In this research, we have focused on apoptotic effects of adipose tissue-derived MSCs in colon cancer. Materials and Methods: MSCs were obtained from adipose tissue and characterized by Flowcytometer using suitable antibodies. MSCs, HT-29, HCT-116, RKO and healthy cell line MRC5 were cultured by different seeding procedure. After cell viability assay, changes in caspase 3 enzyme activity and the level of phosphatidylserine were measured. Results: For cell viability assay, a 48 hr incubation period was chosen to seed all cells together. There was a 1.36-fold decrease in caspase 3 enzyme activity by co-treatment of RKO and MSCs in addition to 2.02-fold decrease in HT-29 and MSCs co-treatment, and 1.103-fold increase in HCT-116 and MSCs. The results demonstrated that HCT-116 led to the highest rate of apoptotic cell death (7.5%) compared with other cells. Conclusion: We suggest that MSCs might remain a new treatment option for cancer by its differentiation and repair capacity.
Anti-apoptotik Gtf2a1-as Uzun Kodlamayan Rna’sının Hücreiçi Konumunun ve Etkileştiği Komplekslerin Tanımlanması
(2018) Akgül, Bünyamin; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
Apoptoz gerek normal gelişim esnasında, gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemlidir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yok açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar kodlamayan RNA’ların da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Daha önce tamamlanan 113Z317 No.lu proje kapsamında yaptığımız transkriptomik bir tarama, GTF2A1 kodlayan genine antisense olan bir RNA transkriptinin (GTF2A1-AS olarak adlandırılmıştır) apoptozun düzenlenmesinde rol oynayabileceğine işaret etmiştir. GTF2A1-AS protein kodlamayan transkriptinin apoptozun düzenlenmesinde oynadığı rolün moleküler mekanizmasını aydınlatmak için yapılan 216Z137 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmıştır. Bu transkriptin koordinatları tam olarak raporlanmadığı için, öncelikle RACE (rapid amplification of cDNA ends) yaklaşımı kullanılarak transkriptin uç sekansları elde edilmiş ve RNA sekans verileriyle karşılaştırılmıştır. Sisplatin ile miktarında artış belirlediğimiz transkript çekirdekte lokalize olmaktadır. GapmeR ile susturma sonrası miktarı değişen mRNA transkriptleri PANTHER yazılımı ile incelendiğinde apoptotik işlevlerde değişim olduğu gözlenmiştir. İlave biyoinformatik analizler, etkilenen yolakların BCL2-p53 aksı üzerinde olabileceğini işaret etmiştir. Western blot sonuçları da bu verileri doğrulamaktadır. GTF2A1-AS transkriptinin etkileştiği proteinleri belirlemek için yapılan immümçöktürme çalışmalarında, GTF2A1-AS’in HIST2H4A, HNRNP-K ve HNRNPA2B1 proteinleriyle birlikte çöktüğü tespit edilmiştir. Sonuç olarak, HeLa hücrelerinde apoptozu düzenleme potansiyeline sahip GTF2A1-AS kodlamayan transkriptinin tam sekansı elde edilmiş, hücre içi lokalizasyonu ve etkileştiği proteinlerin bir kısmı tanımlanmıştır.
The Application of a Finite Difference Method To a Dynamical Interface Problem
(Acad. Publications, 2003) Tanoğlu, Gamze; Ağıroğlu, İzzet Onur; 04.02. Department of Mathematics; 04. Faculty of Science; 01. Izmir Institute of Technology
A multiple-order-parameter model for Cu-Au system on a face cubic centered lattice was recently developed in the presence of anisotropy. In that model, three order parameters (non-conserved) and one concentration order parameter (conserved), which has been taken as a constant, were considered. Later on, the model has been extended, so that, concentration has been taken as a variable. It has been seen that two models were in a good agreement near critical temperature since the non-conserved order parameter behaves like a constant near critical temperature in both models.
Citation - WoS: 4
Citation - Scopus: 5
Application of Magnetic Levitation Induced Weightlessness To Detect Cell Lineage
(IEEE, 2019) Sarıgil, Öykü; Anıl İnevi, Müge; Anıl İnevi, Müge; Sarıgil, Öykü; Yılmaz, Esra; Meşe Özçivici, Gülistan; Çağan, Melike; Tekin, Hüseyin Cumhur; Meşe, Gülistan; Özçivici, Engin; Tekin, Hüseyin Cumhur; Meşe Özçivici, Gülistan; Özçivici, Engin; 03.01. Department of Bioengineering; 01. Izmir Institute of Technology; 04.03. Department of Molecular Biology and Genetics; 03. Faculty of Engineering; 04. Faculty of Science
Identification and classification of bone marrow cells is an important step for molecular biology and therapeutic studies related to bone marrow disorders such as osteoporosis or obesity. In this study, we applied magnetic levitation technology to induce a weightlessness environment to detect adipocytes and osteoblasts based on their single cell density. This biotechnological method can be used for separation of heterogeneous populations such as bone marrow once adapted to a continuous microfluidic platform.

Browse

Browsing 02. Fen Fakültesi / Faculty of Science by Scopus Q "N/A"