02. Fen Fakültesi / Faculty of Science

Permanent URI for this communityhttps://hdl.handle.net/11147/4

Browse

Now showing 1 - 20 of 194

5-Sübstitüentli alpha,beta -doymamış laktonların sentezlenmesi ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
(2009) Çağır, Ali; Kasaplar, Pınar; Akçok, İsmail
5,6-dihidro-2H-pyran-2-on yapısını içeren birçok doğal ürünün çeşitli biyolojik aktivitelere sahip olduğu bilinmektedir. Bunların en ilginçlerinden olan goniothalamin sağlıklı hücreler üzerinde minimal etkiye sahipken kanserli hücrelerde sitotoksik etkisi olduğu bilinmektedir. Bu çalışmada goniothalaminin stiril sübstitüentinin 2-naftil grubuyla yerdeğiştirilmesiyle oluşacak konformasyonel olarak sınırlandırılmış molekülün (R)- ve (S)- enansiyomerleri 2-naftil aldehitten başlanarak literaturde bilinen yöntemlerle asimetrik olarak sentezlenmiş, PC-3, MCF-7, DU-145 ve LNCAP kanser hücreleri üzerinde test edilmiştir. Bulgular konformasyonel olarak sınırlandırılmış R enansiyomerinin aktivite üzerinde küçük bir artış gösterdiği yönündedir. 2-Naftil grubu sitiril grubuna göre daha büyük bir grup olduğundan siterik faktörlerin aktivite üzerindeki etkilerinin incelenmeside gerekli görülmüştür.
Adsorpsiyon ile Virüslerin Giderilmesine İlişkin Bir İnceleme
(Gazi Üniversitesi, 2021) Eren, Muhammet Şakir Abdullah; Tanaydın, Elif Sıla; Arslanoğlu, Hasan; Çiftçi, Harun
2020 yılında Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinden neredeyse tüm ülkelere yayılan Covid-19 (SARS-CoV-2 Enfeksiyonu)’un potansiyel tehlikeleri, dünya çapında bilim insanlarının ilgi odağı olmuştur. Covid-19’un pnömoniden ağır akut solunum yolu enfeksiyonlarına ve böbrek yetmezliğinden ölüme kadar uzanan ciddi etki süreçleri milyonlarca insan için tehdidini sürdürmektedir. Ortaya çıkan yeni viral enfeksiyonlarda uygun tedavi protokollerinin geliştirilmesi için pandemik türlerin izolasyonu büyük önem arz etmektedir. Bunun için yeni yöntemlerin yanında mevcut yöntemlerin de geliştirilmesi gereklidir. Virüsler doğada canlı formda bulunmazlar ve genetik materyalini aktarabilmek için başka canlılara ihtiyaç duyarlar. Ayrıca izole edilmiş yüzeylerde hızla inaktif hale getirilebilirler. Bu yönüyle su kaynakları ve hava en önemli iletim vasıtaları olarak karşımıza çıkmaktadır. Virüslerin yayılmasının önüne geçmede ve onları etkisiz hale getirmede iletim vasıtalarına yönelik adsorpsiyon işlemleri uygulanabilmektedir. Bu derlemede, virüslerin karbonlu, oksitli, gözenekli materyaller ve metal organik kafes yapıları içeren çeşitli adsorbanlarla etkileşimleri incelendi. Su ve hava arıtmasında kullanılan adsorbanların hedef türleri adsorplama işlemlerinde elektrostatik etkileşimlerin daha etkili olduğu belirlendi. Virüs yüzeyinin çeşitli organik fonksiyonel grupları taşıması nedeniyle farklı adsorbanlar ile elektrostatik etkileşime geçeceği ve bu şekilde de onların uzaklaştırılarak hem izole edilmesi hem de etkisiz hale getirilmesi mümkün görülmektedir. Çalışmamızın Koronavirüsler dahil diğer patojenlerin hava ve su kaynaklarına uygulanacak adsorpsiyon işlemleri ile yayılmalarının engellenmesine ve belirtilen iletim vasıtalarının dezenfekte edilmesine yönelik etkili çözümlere katkı sağlayacağını düşünmekteyiz.
Afrika yeşil maymunu CV-1 hücre hatlarında, HIV-1 tat proteini varlığında üretilen SLPI proteininin insan hücre hatlarındaki üretiminin incelenmesi ve HIV-1 LTR promotoruna etkisinin araştırılması
(2017) Arslanoğlu, Alper; Koç, Ahmet; Karakaya, Hüseyin Çağlar
Projemiz, HIV-1 enfeksiyonuna dirençli oldukları bilinen Afrika Yeşil Maymunu hücrelerinde daha önce varlığı tespit edilmemiş HIV-1 engelleyici protein veya proteinlerin varlığını araştırmayı amaçlamıştır. Söz konusu proteinlerin hücre içi bağışıklık mekanizmaları tarafından virüs varlığının algılanmasından sonra üretilmesi ihtimali göz önüne alındığında, HIV-1 ile enfekte olan hücrelerde ilk üretilen iki viral proteinden birisi olan Tat proteininin varlığı virüs enfeksiyonunun belirteci olabileceği düşünülmüştür. Bu bağlamda, iki boyutlu poliakrilamid jel elektroforezi ve kütle spektrometrisi kullanılarak yapılan proteomik ön çalışmalarımız, ardından da proje kapsamında yaptığımız Western blot ve gerçek zamanlı PZR çalışmaları neticesinde, maymun hücrelerinde SLPI proteininin HIV-1 Tat varlığında arttığı, ancak insan hücrelerinde herhangi bir değişiklik olmadığı gözlenmiştir. SLPI proteininin, Reporter gen kullanımıyla yapılan trankripsiyon transaktivasyon analizleri neticesinde HIV-1 promotoru üzerine baskılayıcı etkisi olduğu anlaşılmış, enfeksiyon deneylerinde de HIV-1 üretimini belirgin olarak azalttığı gösterilmiştir.
Akışkan-yapı etkileşimi problemlerinde birleşik sayısal/asimtotik algoritmalar: baraj yıkımı ile oluşan akış ve diğer uygulamalar
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Korobkin, Alexander; Iafrati, Alessandro; Yılmaz, Oğuz; Neslitürk, Ali İhsan; Çiçek, Barış; Kaya, Adem; Isıdıcı, Damla
Baraj güvenliği ile ilgili ilk yasa acil durumlarda uygulanmak üzere Fransa’da 1968 yılında çıkmıştır. Günümüzde daha büyük barajların yapılması ile daha yeni düzenlemeler getirilmiştir. Baraj güvenliği acil eylem planı şunları içerir; potansiyel risklerin tespiti, bu riskleri önleyecek önlemlerin alınması, yerel yönetimlerin acil durumlardaki sorumluluk tanımı ve bilginin halka iletilmesi. Günümüzde baraj operatörlerinin acil eylem planı ışığında baraj yapılmadan önce risk değerlendirme çalışması yapması gerekmektedir. Baraj yıkıldıktan sonraki ilk 15 dakika içinde selin ulaşamadığı en yakın güvenli bölgeyi ve selin ulaşabileceği en uzak alanın tesbiti bu risk değerlendirmeleri içerisindedir.
Citation - WoS: 91
Citation - Scopus: 106
Algorithms for the De Novo Sequencing of Peptides From Tandem Mass Spectra
(Taylor & Francis, 2011-10) Allmer, Jens
Proteomics is the study of proteins, their time- and location-dependent expression profiles, as well as their modifications and interactions. Mass spectrometry is useful to investigate many of the questions asked in proteomics. Database search methods are typically employed to identify proteins from complex mixtures. However, databases are not often available or, despite their availability, some sequences are not readily found therein. To overcome this problem, de novo sequencing can be used to directly assign a peptide sequence to a tandem mass spectrometry spectrum. Many algorithms have been proposed for de novo sequencing and a selection of them are detailed in this article. Although a standard accuracy measure has not been agreed upon in the field, relative algorithm performance is discussed. The current state of the de novo sequencing is assessed thereafter and, finally, examples are used to construct possible future perspectives of the field. © 2011 Expert Reviews Ltd.
Alkenil Oksiranların Organoborlar ile Paladyum Katalizli Tepkimeleri: 4-aril Ya Da 4-alkenil Sübstitüye Allil Alkollerin Sentezinde Regio ve Stereo Seçimli Bir Yöntem
(2016) Artok, Levent
Bu proje kapsamında laboratuvarda sentezlenen alkenil epoksitlerin organoborlar ile rodyum ve paladyum katalizli tepkimeleri gerçekleştirilmiştir. Paladyum katalizli tepkimeler yüksek regio-seçimlilikte gerçekleşerek başlıca 1,4 katılma ürünü olan arillenmiş ya da alkenillenmiş allil alkol (3) türevlerini oluşturmuştur. 1,2 Katılma ürünü olan homoallil alkol (4) türevleri ise genellikle düşük miktarlarda oluşan yan ürünlerdir. Her iki regio-izomer tipi kolon kromatografisi ile ayrılabilmektedir. Ayrıca tepkimeler yüksek stereo-seçimlilik göstermiştir. Genellikle ürünlerin diastereomerik oranı >20:1 olarak saptanmıştır. Epoksit uç karbonunun serbest ve korunmasız bir karbinol grubunun bulunmasının tepkime regio-seçimliliği için gerekli olduğu saptanmıştır. Ayrıca literatürde nadir olarak uygulama alanı olan trifenil arsin ligandının yöntemin regio ve stereo seçimliliğinde fosfin ligandlarına kıyasla çok daha etkin olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte rodyum katalizörü ile de yüksek seçimlilikte arzu edilen ürün elde edilse de tepkime verimliliği yeterli bir mertebeye ulaşamamıştır.
Alkenilboron bileşiklerin rodyum katalizli C-H aktivasyon/karbonilasyon prosesleri ile indenon ve indanon yapılarının sentezi
(2012) Artok, Levent
Boron ya da halojenür gruba göre vicinal alkenyl karbonunda aril grubu içeren alkenilboron ya da alkenil halojenür bileşikleri CO ya da alkinler ile rodyum ve paladyum katalizli tepkimeleri gerçekleştirilmiştir. Alkenilmetal yapılarının arilboronların ve aril halojenürlerin geçiş metal katalizli annulasyon tepkimelerinde elzem ara yapılar olarak önerilmesi nedeniyle alkenil reaktiflerin alkenilmetal yapılarına dönüşmeleri, alkenilmetalların CO ya da alkin bileşiklerine katılması ve sonrasında C-H aktivasyonu ile annule ürünler vermesi beklenmektedir. Alkenilboronların rodyum katalizli tepkimleri annule ürünleri oluşturmuştur. Ancak bu oluşum ile birlikte deboronilasyon ve diğer yan ürünleri de meydana gelmiştir. Alkenil bromürler oksidatif paladyum katalizli tepkimelere reaktif davranmamıştır. Ancak bir alkenil iyodür oligomerik ürünler vermiştir. Bu çalışmanın bulguları önceki annulasyon tepkimelerinde alkenilmetal yapılarının rolünü vurgulayan yorumları sorgulamaktadır.
Altın katalizörlüğünde enantiyoseçici eklenme/halkalaşma tepkimeleri
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2013) Emrullahoğlu, Mustafa; Cantürk, Ceren; Özalp, Ragıp; Kanbur, Tuğçe
Bu projede, altın katalizörleri ile organokatalizörler kullanılarak benzopiran bileşiklerinin enantiyoseçici olarak sentezlenmesi tarif edilmiştir. Çalışmanın ilk aşamasında farklı alkil gruplarıyla türevlendirilmiş alkinil benzaldehit bileşikleri Sonogashira kenetlenme tepkimesi ile sentezlenmiştir. Elde edilen bileşikler farklı organokatalizörler varlığında karbonil bileşikleri ile reaksiyona girdirilip hem rasemat hem de enantiyo seçici olarak alkinil benzil alkollere dönüştürülmüştür. Çalışmanın bir sonraki aşamasında çeşitli altın katalizörleri kullanılarak halkalaştırma tepkimeleri gerçekleştirilmişitir. Optimizasyon çalışmaları sonucunda halkalaşma tepkimeleri için en uygun tepkime koşulu belirlenmiş ve bu koşul kullanılarak enantiyomerik olarak saf benzopiran bileşikleri elde edilmiştir. Yapılan her sentez sonunda elde edilen ürünler 1H NMR ve 13C NMR yöntemleriyle karakterize edilmiştir. Ayrıca rasemat ve enantiyo seçici olarak elde edilen ürünlerin enantiyomerik saflıklıkları HPLC ölçümleri ile saptanmıştır. Bunlara ek olarak enantiyoseçiciliği arttırmak amacıyla farklı organokatalizörler sentezlenmiştir. Enatiyoseçiciliği artırma çalışmalarının yanısıra katalizörlerin çözünürlük problemini ortadan kaldırmak amacıyla çeşitili yaklaşımlar ortaya konulmuştur. Projenin son aşamasında ise en uygun koşullarda eş zamanlı reaksiyon denemeleri yapılmış ve başarıyla sonuçlandırılmıştır.
Anormal Çalışan Yarım Kanalların Oluşmasına Yol Açan Cx26 Mutasyonları Epidermisteki Keratinosidlerin Kalsiyum İyon Dengesini Değiştirerek Bu Hücrelerin Farklılaşma Mekanizmalarını Etkiler
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Meşe Özçivici, Gülistan
Connexin’lerin oluşturduğu gap junction’lar ve yarım kanallar insan vücudundaki deri gibi bir çok doku ve organın normal olarak faaliyetlerini devam ettirmesinde önemli görevler üstlenirler. Connexin26 mutasyonları hem sendromik olmayan sağırlığa hem de keratitis-ichthyosisdeafness (KID) sendromu gibi deri hastalıklarıyla bağlantılı sendromik sağırlığa neden olmaktadır. Sendromik sağırlığa neden olan mutasyonlar Cx26’nın yeni fonksiyonlar kazanmasına neden olmakta bunun da epidermal hücrelerin fizyolojisini nasıl etkilediği tam olarak bilinmemektedir. Bu projede, KID sendromuna neden olduğu gösterilmiş Cx26I30N, D50A, D50Y ve A88V mutasyonlarının, gap junction iletişimi bulunmayan N2A ve HeLa hücreleriyle, iletişim bulunan HaCaT insan keratinosid hücrelerinde Western blot ile proteinin yapısına, immunohistokimyasal yöntemlerle protein lokalizasyonuna, floresan boya alım deneyleriyle yarım kanal fonksiyonlarına, hücre dışındaki ATP miktarının belirlenmesiyle kanallardan hücre dışına molekül salınım kapasitelerine ve Fluo-3AM boyası ve akış sitometresiyle de kalsiyum sinyallerine olan etkileri araştırılmıştır. Buna göre mutasyonların, Cx26 protein üretimini etkilemediği fakat mutant proteinlerin daha çok hücre içinde biriktikleri ve hücre zarında gap junction plakaları oluşturmadıkları gözlenmiştir. Ayrıca hücre içinde biriken diğer mutansyonlardan farklı olarak, Cx26I30N mutasyonunun hücre içinde çoğunlukla Golgi aygıtında biriktiği gözlenmiştir. Mutant Cx26 proteinleri bulunan hücrelerin Cx26WT bulunduran hücrelere oranla daha çok neurobiotin ve ethidium bromide alımına neden oldukları gözlenmiştir. Mutasyonların hem N2A hem de HaCaT hücrelerinde hücre dışına ATP salınım miktarlarına bir etkisi olmadığı, buna karşılık her iki hücre tipinde hücre içindeki kalsiyum miktarında WTCx26’a göre 1,3 ile 2,4 kat artışa neden olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak, Cx26I30N, D50A, D50Y ve A88V mutasyonlarının diğer KID sendromu mutasyonları gibi hücrelerde sürekli aktif olan yarım kanallar yaptıkları ve hücrelerdeki kalsiyum mekanizmalarını etkiledikleri gözlenmiştir. Cx26 mutasyonları epidermiste sürekli açık bulunan yarım kanallar oluşturarak, hücre dışına saldıkları moleküllerle kalsiyum sinyallerini otokrin/parakrin sinyallerle etkileyerek keratinosidlerin çoğalma ve farklılaşma mekanizmalarında değişimlere yol açabilirler. Bu şekilde, KID sendromu hastalarında gözlenen fenotiplerden biri olan epidermisin normalden fazla kalınlaşmasına neden olabilir.
Anti-apoptotik Gtf2a1-as Uzun Kodlamayan Rna’sının Hücreiçi Konumunun ve Etkileştiği Komplekslerin Tanımlanması
(2018) Akgül, Bünyamin
Apoptoz gerek normal gelişim esnasında, gerekse patolojik olgularda hücresel dengenin sağlanmasında oldukça önemlidir. Nitekim, apoptozun yavaşlaması veya engellenmesi kanser ve otoimmun hastalıklara yok açar iken, apoptoz oranında meydana gelen hızlanmalar akut ve kronik dejeneratif hastalıklara ve immun sistemde yetersizliklere yol açmaktadır. Bu nedenlerden ötürü, apoptozun düzenlenmesinde çok değişik makromoleküller görev yapmaktadır. Bu düzenlemeden sorumlu proteinlerin varlığı uzun süredir bilinmekte olup son yapılan çalışmalar kodlamayan RNA’ların da bu düzenlemede aktif rol oynadıklarını işaret etmektedir. Daha önce tamamlanan 113Z317 No.lu proje kapsamında yaptığımız transkriptomik bir tarama, GTF2A1 kodlayan genine antisense olan bir RNA transkriptinin (GTF2A1-AS olarak adlandırılmıştır) apoptozun düzenlenmesinde rol oynayabileceğine işaret etmiştir. GTF2A1-AS protein kodlamayan transkriptinin apoptozun düzenlenmesinde oynadığı rolün moleküler mekanizmasını aydınlatmak için yapılan 216Z137 No.lu bu TÜBİTAK projesinde HeLa hücreleri model olarak kullanılmıştır. Bu transkriptin koordinatları tam olarak raporlanmadığı için, öncelikle RACE (rapid amplification of cDNA ends) yaklaşımı kullanılarak transkriptin uç sekansları elde edilmiş ve RNA sekans verileriyle karşılaştırılmıştır. Sisplatin ile miktarında artış belirlediğimiz transkript çekirdekte lokalize olmaktadır. GapmeR ile susturma sonrası miktarı değişen mRNA transkriptleri PANTHER yazılımı ile incelendiğinde apoptotik işlevlerde değişim olduğu gözlenmiştir. İlave biyoinformatik analizler, etkilenen yolakların BCL2-p53 aksı üzerinde olabileceğini işaret etmiştir. Western blot sonuçları da bu verileri doğrulamaktadır. GTF2A1-AS transkriptinin etkileştiği proteinleri belirlemek için yapılan immümçöktürme çalışmalarında, GTF2A1-AS’in HIST2H4A, HNRNP-K ve HNRNPA2B1 proteinleriyle birlikte çöktüğü tespit edilmiştir. Sonuç olarak, HeLa hücrelerinde apoptozu düzenleme potansiyeline sahip GTF2A1-AS kodlamayan transkriptinin tam sekansı elde edilmiş, hücre içi lokalizasyonu ve etkileştiği proteinlerin bir kısmı tanımlanmıştır.
Citation - WoS: 20
Citation - Scopus: 23
Are There Really Conformal Frames? Uniqueness of Affine Inflation
(World Scientific Publishing Co. Pte Ltd, 2018-07) Azri, Hemza
Here, we concisely review the nonminimal coupling dynamics of a single scalar field in the context of purely affine gravity and extend the study to multifield dynamics. The coupling is performed via an affine connection and its associated curvature without referring to any metric tensor. The latter arises a posteriori and it may gain an emergent character like the scale of gravity. What is remarkable in affine gravity is the transition from nonminimal to minimal couplings which is realized by only field redefinition of the scalar fields. Consequently, the inflationary models gain a unique description in this context where the observed parameters, like the scalar tilt and the tensor-to-scalar ratio, are invariant under field reparametrization. Overall, gravity in its affine approach is expected to reveal interesting and rich phenomenology in cosmology and astroparticle physics.
Arpada (Hordeum vulgera L.) Bor toksisitesine tolerans gösteren genlerin mRNA dıfferentıal dısplay ve rt-pcr yöntemleri ile belirlenmesi ve karakterizasyonu
(2007) Karakaya, H. Çağlar; Akıncı, Ersin
[No Abstract Available]
Bazı kültür ve yabani domates,biber ve patlacan türlerinde antioksidant özelliği olan karakter için mevcut genetik varyasyonun tayin edilmesi ve bu karakterleri kontrol eden genlerin moleküler haritalanması
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2007) Frary, Anne; Doğanlar, Sami; Yemenicioğlu, Ahmet; Rusçuklu, Dane; Ökmen, Bilal; Şığva, Hasan Özgür; Tümbilen, Yeliz; Keçeli, Mehmet Ali; Yüce, Duygu; Göl, Deniz; Kırsoy, Öyküm
[No Abstract Available]
Bazı toksik metal iyonlarının kalsit ve aragonit mineralleri ile etkileşimi sonucu oluşan karbonatların oluşum kinetikleri ve morfolojik karakteristiklerinin spektroskopik ve mikroskobik tekniklerle incelenmesi
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2006) Shahwan, Talal; Eroğlu, Ahmet Emin; Tunusoğlu, Gözde; Altay, Özge; Yılmaz, Sinan
[No Abstract Available]
Bazik amino asit içeren çift-protonlanmış peptit iyonlarının gaz-fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometresi ile çalışılması
(2018) Yalçın, Talat
Proteinler, hücre içindeki faaliyetlerin düzenlenmesinde önemli görevlere sahiptir. Protein içindeki amino asitlerin konumları, birbiriyle olan etkileşimleri, bazik veya asidik amino asitlerin peptit zincirine etkileri proteinlerin hücre içindeki rollerini belirlmekte ve hakkında önemli bilgiler vermektedir. Kütle Spektrometresi (MS) yöntemi, proteinlerdeki amino asit dizilimlerinin bulunmasında oldukça popüler yöntemdir. Proteinler enzimatik bölünmeye uğradığında (Tripsin), kesilmiş peptitlerin C terminalinde, her zaman lizin (K) veya arginin (R) gibi bir bazik amino asit bulunur. Amino asit dizilimlerinde, bazik amino asit ihtiva eden petit seriler ile, kolaylıkla çoklu protonlanmış peptit iyonları oluşturulabilinmektedir. Bu çalışmada, model olarak hepta peptit serileri kullanılmış ve dizilimlerinde bazik amino asitlerden, lisin (K), arjinin (R) ve histidin (H), ihtiva eden bu peptitler ile, bu aminoasitlerin pozisyon etkilerini araştırmak için peptit dizisi içinde yerleri değiştirilmiş ve bazik amino asitlerin (C terminaline ve N terminaline yakın) konumunun gaz fazı parçalanma mekanizmasına etkileri detaylı olarak çalışılmıştır. Sonuç olarak; bütün model peptidlerde, bazik amino asitlerin pozisyonları (N-ucundan sayılarak) 4, 5, 6, ve 7?ci pozisyonlarda olduğu zaman Klas 1 parçalanma mekanizmasına bağlı olarak gözlenen b2 ve y5 komplementeri iyonları gözlenebilmektedir. b2 ve y5 iyonlarının göreceli iyon şidetlerinin, bazik amino asitin C-ucuna yaklaştıkça arttığı gözlenmiştir. Pozisyon veya amino asidin yapısı b2 ve y5 iyonlarının oluşma mekanizmlarına bir etki gösterdiği görülmektedir. Alanin ihtiva eden birinci model peptit örneklerindeki çalışma sonuçlarına göre, b2 ve y5 iyonlarının, bazik amino asitler (N-ucundan sayıldığında) 3. cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlanmışken, aynı tür iyonlar, YAGFLV amino asit dizlimleri ihtiva eden diğer model peptit örneklerinde 4.cü pozisyona geldiklerinde gözlenmeye başlamışlardır. Sadece Serin ve Treonin amino asitleri diğerlerinden farklı davranış göstermiştir. Histidin C-ucunda bulunduğunda diğer sonuçların aksine, y5 ve b2 iyonu % 5-10 şiddete sinyal seviyesi göstermiştir.
Beta Maritima Bitkisinde Tuz Toleransında Rol Oynadığı Düşünülen Üç Genin Karakterizasyonu
(2016) Karakaya, Hüseyin Çağlar
Tarım alanlarındaki aşırı tuz birikimi bitki büyümesini etkileyen başlıca negative etkenlerdendir. Tuzun oluşturduğu stres, bitkide homeostasisi ve gelişimi etkiler. Bazı bitkiler tuzun meydana getirdiği strese karşı dayanıklılk mekanizmaları geliştirmiştir. Bu projede, tuza dayanıklı olduğu bilinen Beta maritima bitkisinden tuz tolerans genlerinin karakterizasyonu ve izolasyonu gerçekleştirildi. Bu amaçla, bitki cDNAları mayada ekspres edildi ve koloniler toksik tuzlu ortamda büyütüldü. Elde edilen 3 kolonideki genlerden biri Sadenosyl methionine (SAM), diğer ikiside fonksiyonu bilinmeyen ve B1 olarak isimlendirdiğimiz bir gen olduğu görüldü. B1 in Arabidopsis homoloğu olan Sah7 genide klonlanıp karakterizasyon işlemleri yapıldı. mRNA transkript analizlerinde, B1 ve Sah7 mRNA seviyeleri yaprakta ve kökte tuz stresi altında indüklenmiştir. B1’i aşırı ifade eden maya hücrelerinin tuzlu ortamda yetiştirildikten sonraki tuz seviyeleri yabani tip mayayla karşılaştırıldıklarında, hücre içi tuz düzeyinde değişiklik olmadığı ve B1 proteininin sodyumun hücre içinde depolanmasında rol oynadığı düşünülmektedir. B1 ve Sah7 proteinleri, hücre içinde endomembran sistemlerinde lokalize olmuştur ve fazla tuzu golgi, endoplasmik retikulum gibi endomembran sistemlerinde depolayarak tuz toleransına yardımcı olma olasılıkları bulunabilir. Sonuçlarımız, fonksiyonu daha önce araştırılmamış olan B1 genininin Beta maritima bitkisinde tuz toleransında rol oynadığını göstermiştir.
Biber (capsicum Annuum)'da Tütün Mozayik Virüsü (tmv), Patates Y Virüsü (pvy), ve Hıyar Mozayik Virüslerine (cmv) Dayanıklılığı Kontrol Eden Genlerin Belirlenmesi, Genetik Haritalanması ve Moleküler Islahı
(2007) Doğanlar, Sami; Frary, Anne; Gümüş, Mustafa; Balcı, Evrim; Keçeli, Mehmet Ali
Türkiye biber üretiminde dünya’da üçüncü sırada yer almaktadır. Biber bitkisi ülkemizin hemen hemen her yöresinde salça, turşu, taze tüketim ve kurutma amaçları için yetiştirilmektedir. Virüs hastalıkları verim düşüklüklerinin yanısıra meyve kalitesindede bozukluklara sebep olmaktadır. Kalitesi düşük ürünün gerek iç ve gereksede dış pazarlarda değerlendirilmesi güçleşmektedir. Türkiye’de yetiştirilen yerel ve melez çeşitlerin hiç birinde problem olan viral hastalık etmenlerinin hepsine birden dayanıklılık mevcut değildir. Bununla birlikte, önemli bir çok virüse karşı dayanıklılık yabani türlerde belirlenmiştir. Günümüze kadar yabani türlerde belirlenen dayanıklılık kaynaklarının hiç biri etkili ve başarılı bir şekilde kültür türü Capsicum annuum’ a aktarılamamıştır. Moleküler genetik haritaların oluşturulması, dayanıklılığı kontrol eden genlerin sayısını, her bir genin dayanıklılık karakteri üzerine etkisi ve bu genlerin biber genomundaki yerlerinin belirlenmesini mümkün kılabilmektedir. Dayanıklılığı kontrol eden genler belirlendikten sonra, bu genlerle link halinde olan moleküler işaretleyiciler kullanmak süretiyle yabani türden belirlenen dayanıklılık genleri istenilen kültür biber çeşitlerine aktarılabilmektedir. Önerilen bu projede, yabani biber türleri C. chilense ve C. frutescens çok zarar verici ve geniş bir alanda dağılım gösteren üç önemli biber bitkisi virüslerine karşı test edilmiştir. Bu virüsler arasında tütün mozayik virüsü (TMV), patates Y virüsü (PVY) ve hıyar mozayik virüsü (CMV) bulunmaktadır. Bu yabani türe ilaveten, New York-TMV ve -CMV izolatlarına karşı dayanıklı oldukları belirlenen ileri ıslah hatları da Türkiye’de mevcut viral izolatlarla test edilmiştir. Genetik haritalama populasyonları geliştirilmiş ve bu hastalıklara dayanıklılığı sağlayan genlerle bağlantı halinde olan moleküler işaretleyiciler belirlenmiştir. Dayanıklılıkla bağlantı halinde olduğu belirlenen moleküler işaretleyiciler kullanarak dayanıklılık genleri ülkemizde yetiştirilen biber çeşitlerine aktarılmıştır.
Biberde kök-uru nematoduna dayanıklılık sağlayan N geninin haritalanması ve moleküler ıslahı
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2014) Frary, Anne; Söğüt, Mehmet Ali; Doğanlar, Sami
Dünyada yılda yaklaşık 31 milyon ton biber üretilmektedir. Türkiye toplam 2.1 milyon ton yıllık biber üretimi ile Çin (16 milyon ton/yıl) ve Meksika (2.4 milyon ton/yıl)’dan sonra dünyanın en çok biber üreten 3. ülkesidir (FAO 2012). Akdeniz ve Ege Bölgeleri özellikle örtü-altı ve sera biber yetiştiriciliği bakımından en önemli bölgelerimizdir. Akdeniz kıyı şeridinde Antalya'nın Demre, Finike ve Kumluca ile İçel’in Kazanlı üretim sahalarında yoğun bir şekilde sera biber yetiştiriciliği yapılmaktadır. Toplam sera sebzeciliği içinde biber yetiştiriciliğinin yapıldığı kısım yaklaşık %15'lik bir alanı kapsamaktadır. Bir çok biyotik ve abiyotik faktör biber yetiştirilen bölgelerimizde biber tarımını sınırlamakta, verim ve kaliteyi düşürmektedir. Kök-ur nematodları biyotik faktörler arasında yer alan en önemlilerinden birisidir ve ülkemizde biber yetiştirilen alanların en önemli zararlısıdır. Kök-ur nematodları bitki köklerinde irili ufaklı urlar oluşturmak süretiyle bitkinin kökleri vasıtasıyla topraktan su ve besin madde alınımını kısıtlamaktadır. Sonuç olarak, kök-uru nematod zararından dolayı bir çok bölgemizde biber yetiştiriciliği zarar görmektedir ve mevcut mücadele yöntemleri ile üretim maliyetleri artmaktadır. Nematodlarla kültürel mücadele yapmak mümkün görünsede özellikle örtü-altı yetiştiriciliği açısından pratik ve ekonomik olmaktan oldukça uzaktır. Nematod mücadelesinde tek yol biber yetiştirilecek toprakların solarizasyonu veya nematositlerin kullanılmasıdır. Her iki işlemde pahalı, yoğun emek isteyen ve çevre dostu olmayan yaklaşımlardır. Özellikle nematositlerin son derece toksik olmaları, sınırlı bir süre koruma sağlamaları ve kalıntı etkilerinden dolayı kullanımları sakıncalıdır. Geniş alanlarda yapılan çalışmalarında ise toprak solarizasyonu pratik değildir ve çok pahalıya mal olmaktadır. Dolayısıyla, nematod probleminin bulunduğu bölgelerimizde dayanıklı biber çeşitlerinin yetiştirilmesi belkide en kolay, pratik, ucuz ve çevre dostu yaklaşımdır. Ülkemizde yetiştirilen biber çeşitlerinin hiç biri doğal olarak kök-uru nematod dayanıklılığına sahip değildir. Ancak, kök-uru nematodlarına karşı dayanıklılığı birçok Capsicum annuum’da belirlenmiştir ve bu dayanıklılık genlerinin bir çoğu değişik biber çeşitlerine aktarılmıştır. Ancak, dayanıklılık gen’lerinin aktarılması yoğun bir şekilde tarla ve sera koşullarında nematod testlemeleri gerektirdiği için zor bir işlemdir. Bu nedenle bu gen’lerin etkili bir şekilde ıslahı sınırlıdır. Önerilen bu projede biberde belirlenen kök-uru nematodlarına dayanıklılık sağlayan N geni ile bağlantılı olan moleküler markörler belirlenmiştir ve N geninin bağlantılı markör ile Türk biber çeşitlerine aktarılması işlemine başlanmıştır.
Citation - WoS: 7
Citation - Scopus: 10
Biotechnology for Enhanced Nutritional Quality in Plants
(Taylor and Francis Ltd., 2013-09) Uncu, Ayşe Özgür; Doğanlar, Sami; Frary, Anne
With almost 870 million people estimated to suffer from chronic hunger worldwide, undernourishment represents a major problem that severely affects people in developing countries. In addition to undernourishment, micronutrient deficiency alone can be a cause of serious illness and death. Large portions of the world population rely on a single, starch-rich crop as their primary energy source and these staple crops are generally not rich sources of micronutrients. As a result, physical and mental health problems related to micronutrient deficiencies are estimated to affect around two billion people worldwide. The situation is expected to get worse in parallel with the expanding world population. Improving the nutritional quality of staple crops seems to be an effective and straightforward solution to the problem. Conventional breeding has long been employed for this purpose but success has been limited to the existing diversity in the gene pool. However, biotechnology enables addition or improvement of any nutrient, even those that are scarce or totally absent in a crop species. In addition, biotechnology introduces speed to the biofortification process compared to conventional breeding. Genetic engineering was successfully employed to improve a wide variety of nutritional traits over the last decade. In the present review, progress toward engineering various types of major and minor constituents for the improvement of plant nutritional quality is discussed. © 2013 Copyright Taylor and Francis Group, LLC.
Biyolojik-kimyasal reaksiyonların benzetimi için Monte Carlo teknikleri
(TÜBİTAK - Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu, 2012) Altınkaya, Mustafa Aziz; İnal, Fikret; Baran, Yusuf
Kimyasal reaksiyonların stokastik modellemesi, reaksiyondaki molekül sayılarının az olduğu durumda, her bir molekülün ne zaman reaksiyona gireceğinin tam olarak belirlenememesi nedeniyle yalnızca makroskopik ölçekte doğru olan gerekirci yönteme göre daha başarılıdır. Gillespie’nin geliştirdiği stokastik benzetim algoritması (SBA) Monte Carlo teknikleriyle sistemdeki bir sonraki reaksiyonun hangi reaksiyon olacağını ve ne zaman gerçekleşeceğini belirlemektedir. Ancak SBA’nın molekül sayıları arttıkça işlem yoğunluğu çok artmaktadır. Bu durumda, sistemdeki her reaksiyonu her molekülün mevcut konsantrasyonunu koruması koşulunu bozmayacak miktarda çok kez ateşleyerek, reaksiyon sistemindeki her molekülün miktarını tau peryodu ile güncelleyen tau-atlama algoritması işlem yoğunluğunu önemli ölçüde azaltmaktadır. Her bir reaksiyon kanalının tau aralığında ateşlenme adedini belirleyen Poisson değişken, reaksiyona girme eğilimi ile tau'nun çarpımı çok büyüdüğünde Gauss gibi davranmaya başlar. Bu durumda reaksiyondaki konsantrasyonları belirleyen stokastik türev denklemi Kimyasal Langevin Denklemi’ne (KLD) karşılık gelir. KLD’deki Gauss sürecin yerine Levy (alfa) - kararlı daha dürtün bir sürecin konması, KLD’nin tanımladığı Brown hareketini Levy uçuşuna dönüştürür. Kimyasal Langevin-Levy Denklemi (KLLD) olarak tanımlanan bu denklem az sayıdaki molekülün bulunduğu biyokimyasal reaksiyonları daha iyi modelleyebilir. Maltozdan glukoz elde edilen bir Michaelis-Menten sistemi ve daha çok reaksiyon içeren laktuloz hidrolizi sırasındaki enzimatik transgalaktosilasyon reaksiyonlarında KLLD’nin SBA ve KLD’ye kıyasla daha fazla gerekirci eğriden sapmaya neden olduğu ancak aynı ortalama davranışın takip edildiği görülmektedir. Bu çalışma biyokimyasal reaksiyon benzetininde KLLD’ye dayalı tau-atlamanın kullanılabileceğini göstermiştir.

Browse

Browsing 02. Fen Fakültesi / Faculty of Science by Publication Category "Diğer"