Show simple item record

dc.contributor.advisorSoyer Dönmez, Ferda
dc.contributor.authorAcar, Ertuğrul
dc.date.accessioned2020-08-27T07:20:42Z
dc.date.available2020-08-27T07:20:42Z
dc.date.issued2019-10en_US
dc.identifier.citationAcar, E. (2019). Assesment of genes that play role in phenolic compound degradation in olive orchard microbiome. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkeyen_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11147/9634
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Molecular Biology and Genetics, Izmir, 2019en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves: 46-55)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.description.abstractThe olive tree (Olea Europea L.) is one of the most important fruit trees in Mediterranean countries. Its products, olive oil and table olives, are important components of the Mediterranean diet and widely consumed all around the World. Olives and virgin oil provide a rich source for phenolic compounds. The plant phenolics are secondary metabolites, and possesses several common biological and chemical properties. In this study, microorganisms were collected from soil, olive leaves, fruits, and Olive fruit fly larva and Olive mill wastewater (OMWW). They were characterized by 16S rRNA analysis. The microorganisms that were tolerant to phenolic compounds were selected in order to seek which genes were associated with the phenolic compound degradation. The genes related to the degradation of the selected organisms were identified by Sanger Sequencing and the level of phenol-degrading gene expression were aimed to be compared by using qPCR and Droplet Digital PCR (ddPCR). Microorganisms which degrade phenolic compounds can be harnessed for the purpose of bioremediation. However, the number of defined phenolic compound degrading microorganisms is still low in the literature. For this reason, many different microorganisms were used at the same time for bioremediation. Investigation of olive orchard microorganisms and phenolic-degrading genes might benefit bioremediation in the future. In this study, 8 different bacterial strains were identified and characterized from olive orchards. After that, their phenol hydroxylase and catechol 1,2 dioxygenase genes tried to be sequenced with primers designed by using of reference strains in NCBI database.en_US
dc.description.abstractZeytin ağacı (Olea Europea L.) Akdeniz ülkelerindeki en önemli meyve ağaçlarından biridir. Bu ağaçların ürünleri, zeytin yağı ve sofralık zeytin Akdeniz beslenme biçimin en önemli bileşenleri oluşturur ve dünya çapında tüketilir. Zeytin ve zeytin yağı fenolik bileşikler adına zengin bir kaynak sunar. Bitkisel fenolik bileşikler ikincil metabolitler olarak birtakım ortak biyolojik ve kimyasal özellikle barındırırlar. Topraktan, zeytin yapraklarından, zeytinlerden, Akdeniz meyve sineğinin larvasından ve zeytin fabrikası atık suyundan toplanan mikroorganizmalar, 16S rRNA analizi ile karakterize edilmiştir. Fenolik bileşiklerin yıkımıyla ilgili genlerin izolasyonu için fenolik bileşiklere toleransı olanlar seçilmiştir. Seçilen organizmaların yıkımla ilgili genleri sekanslanarak saptanmıştır ve gen ekspresyonu seviyesi qPCR ve Droplet Digital PCR (ddPCR) ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Fenolik bileşikleri yıkabilen mikroorganizmalar çevresel iyileştirme sürecine kullanılabilir. Ancak, farklı çeşitlilikte fenolik bileşikleri yıkan mikroorganizmaların sayısı hala az oldiğu için birden fazla mikroorganizma çevresel iyileştirme çalışmalarında aynı anda kullanılmaktadır. Zeytinliklerdeki mikroorganizmaların araştırılması çevresel iyileştirme için potansiyel vaat etmektedir. Bu çalışmada, zeytin bahçelerinden izole edilen 8 farklı bakteri suşu tanımlanmış ve karakterize edilmiştir. Fenol hidroksilaz ve katekol 1,2 dioksijenaz genleri NCBI veri tabanında referans suşlar kullanılarak tasarlanan primerler kullanılarak sekanslanmaya çalışıldı.en_US
dc.format.extentxii, 64 leavesen_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technologyen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectOlea Europea L.en_US
dc.subjectMicroorganismsen_US
dc.subjectOlive oilen_US
dc.subjectPhenolic compoundsen_US
dc.titleAssesment of genes that play role in phenolic compound degradation in olive orchard microbiomeen_US
dc.title.alternativeZeytinlik mikrobiyomunda fenolik madde indirgenmesinde rol alan genlerin değerlendirilmesien_US
dc.typemasterThesisen_US
dc.contributor.departmentIzmir Institute of Technology. Molecular Biology and Geneticsen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record