Show simple item record

dc.contributor.advisorAllmer, Jensen_US
dc.contributor.advisorTekir, Selmaen_US
dc.contributor.authorBağcı, Caner
dc.dateinfo:eu-repo/date/embargoEnd/2019-08-15
dc.date.accessioned2017-02-20T09:05:48Z
dc.date.available2017-02-20T09:05:48Z
dc.date.issued2016-07
dc.identifier.citationBağcı, C. (2016). Automatic, fast and accurate sequence decontamination. Unpublished master's thesis, İzmir Institute of Technology, İzmir, Turkeyen_US
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11147/4864
dc.descriptionThesis (Master)--Izmir Institute of Technology, Biotechnology, Izmir, 2016en_US
dc.descriptionFull text release delayed at author's request until 2019.08.15en_US
dc.descriptionIncludes bibliographical references (leaves: 31-39)en_US
dc.descriptionText in English; Abstract: Turkish and Englishen_US
dc.descriptionxi, 44 leavesen_US
dc.description.abstractThe introduction of massively parallel sequencing technologies was a revolutionary step in genomics. Their decreasing cost and powerful features have put them more and more on demand in the last decade. It is now possible to sequence even complete genomes of organisms, using massively parallel sequencing technologies even for small laboratories around the world. However, the power of this powerful technology comes with its challenges. The challenges are both in technological and computational side of the work. In this work, one of these computational challenges is addressed and a novel algorithm is offered to solve the problem. Sequencing by synthesis is one of the methods used in many different massively parallel sequencing instruments. This method utilizes the biological process of DNA replication and with the help of different means of detection, it allows sequencing a DNA molecule while it is replicated. Since DNA polymerase requires a primer to start the replication reaction, short oligonucleotide adapters are used in sequencing by synthesis methods to initiate the reaction. However, certain circumstances allow these adapters to contaminate final sequence reads. Several tools have been offered to trim adapters from reads; but all depend on the prior knowledge of the adapter sequence by the bioinformatician. In this work, an algorithm is offered to detect and trim adapters only using the sequences of reads, without relying on prior knowledge of adapter sequences. The algorithm was shown to perform better or on the same grounds with existing methods in terms of speed and efficiency.en_US
dc.description.abstractKitlesel parallel dizileme yöntemlerinin ortaya çıkışı genomik alanında devrim niteliğinde bir adım oldu. Giderek düşen fiyatları ve güçlü özellikleri bu yöntemleri her geçen gün daha ilgi çekici hale getirdi. Günümüzde bu yöntemlerin kullanımı, dünya çapında küçük laboratuvarların bile genom düzeyinde dizileme yapabilmesine olanak sağlamaktadır. Ancak bu yöntemin de güçlü özellikleri yanında bazı problemleriyle geliyor. Bu problemler hem teknolojik, hem de bilişimsel alanlardadır. Bu çalışmada, bu bilişimsel problemlerden biri ele alınmış ve çözümü için yeni bir algoritma önerilmiştir. Sentez ile sekanslama, bir çok kitlesel parallel sekanslama aletinde kullanılan yaygın bir yöntemdir. Bu yöntem biyolojik DNA kopyalanması reaksiyonunu kullanarak, değişik algılama yöntemleriyle DNA dizilimesi yapmayı sağlar. DNA polimeraz enzimi kopyalama reaksiyonunu başlatabilmek için bir primer’e ihtiyaç duyduğu için, sentez ile sekanslama yöntemlerinde kısa adaptör sekansları kullanılır. Ancak bazı durumlar bu adaptörlerin sonuçta çıkan dizi okumalarını kontamine etmesine sebep olur. Bu dizileri temizlemek için çeşitli yöntemler önerilmiş olsa da, bunların hepsi adaptör dizilerinin önceden biliniyor olması varsayımı üzerine çalışır. Bu çalışmada, adaptör sekanslarını önceden herhangi bir bilgi olmadan sadece okumaların kendilerini kullanarak bulan ve temizleyen bir algoritma önerilmektedir. Algoritmanın hız ve etkinlik açısından, var olan yöntemlerden daha iyi veya eşit düzeylerde olduğu gösterilmiştir.en_US
dc.description.sponsorshipTUBITAK grant number 113E326en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherIzmir Institute of Technology
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessen_US
dc.subjectMolecular biologyen_US
dc.subjectBiotechnologyen_US
dc.subjectBioinformaticsen_US
dc.subjectNext generation sequencingen_US
dc.subjectDNA sequencingen_US
dc.titleAutomatic, fast and accurate sequence decontaminationen_US
dc.title.alternativeOtomatik, hızlı ve doğru dizi dekontaminasyonuen_US
dc.typemasterThesisen_US
dc.contributor.departmentIzmir Institute of Technology. Biotechnology and Bioengineeringen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record