Show simple item record

dc.contributor.authorKesici, Kutsal
dc.contributor.authorTüney, İnci
dc.contributor.authorSukatar, Atakan
dc.contributor.authorZeren, Doğuş
dc.contributor.authorGüden, Mustafa
dc.date.accessioned2015-12-03T15:02:03Z
dc.date.available2015-12-03T15:02:03Z
dc.date.issued2013
dc.identifier.citationKesici, K., Tuney, İ., Sukatar, A., Zeren, D. & Güden, M. (2013). Morphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, İzmir, coast of the Aegean Sea. Turkish Journal of Biology, 37 (5), 530-537. doi: 10.3906/biy-1205-40en_US
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11147/4355
dc.description.abstractDiatoms represent an important class of aquatic phototrophs. They are not only one of the major contributors to global carbon fixation, but also play a key role in the biogeochemical cycling of silica. Molecular identification methods based on conserved DNA sequences, such as ITS (Internal Transcribed Spacer) have revolutionized our knowledge and understanding of conventional taxonomy. In this study, we aimed to compare the conventional identification methods with molecular identification methods. To do so, we isolated four diatom samples from Coast of Urla and characterized them using light microscopy (LM) and scanning electron microscopy (SEM) according to morphological features. Then, we amplified ITS regions using conventional polymerase chain reaction (PCR), sequenced the PCR products and analyzed the sequences using bioinformatic tools. Bioinformatic analysis indicated that the isolated species had high sequence similarity to Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. and Cylindrotheca sp. We believe that molecular identification methods enable rapid and more reliable identification of diatom species and are crucial for monitoring harmful algal blooms.en_US
dc.description.abstractDiatomlar denizsel ortamın oldukça önemli bir fotosentetik organizma grubudur. Küresel karbon fiksasyonunun baskın elemanları olmalarının yanısıra silikanın biyokimyasal döngüsünde de önemli bir rol oynamaktadırlar. Günümüzde sistematik ve evrimsel çalışmalarda ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesine dayalı DNA analizleri standart bir yaklaşım halini almış ve bu alana yeni bir bakış açısı getirmiştir. Bu çalışmada geleneksel tayin yöntemleri ile moleküler tayin yöntemlerininin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Bu nedenle Urla kıyılarının farklı bölgelerinden dört diatom türü izole edilmiş, ışık mikroskobu (LM) ve taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile morfolojik olarak incelenmiştir. Daha sonra ITS bölgesi PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemi ile çoğaltılmış, elde edilen PZR ürünlerinin dizi analizi yapılarak biyoinformatik yöntemler kullanılarak tür tayini gerçekleştirilmiştir. DNA dizi analizi sonuçlarına göre izole edilen diatomların Pseudo-nitzschia sp., Achnanthes sp., Amphora sp. ve Cylindrotheca sp.. oldukları saptanmıştır. Moleküler yüntemlerle gerçekleştirilen tür tayinlerinin, diyatom türlerinin belirlenmesi ayrıca zararlı ani alg çoğalmalarının izlenmesi açısından da daha hızlı ve güvenilir olduğu kanısındayız.en_US
dc.language.isoengen_US
dc.publisherTÜBİTAKen_US
dc.relation.isversionof10.3906/biy-1205-40en_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectDiatomen_US
dc.subjectITSen_US
dc.subjectLMen_US
dc.subjectSemen_US
dc.subjectMolecular characterizationen_US
dc.titleMorphological and molecular identification of pennate diatoms isolated from Urla, İzmir, coast of the Aegean Seaen_US
dc.title.alternativeUrla-İzmir (Ege Denizi) kıyılarından izole edilen pennate diatomların morfolojik ve moleküler tayinien_US
dc.typearticleen_US
dc.contributor.authorIDTR114204en_US
dc.contributor.authorIDTR114738en_US
dc.contributor.iztechauthorZeren, Doğuş
dc.contributor.iztechauthorGüden, Mustafa
dc.relation.journalTurkish Journal of Biologyen_US
dc.contributor.departmentIzmir Institute of Technology. Mechanical Engineeringen_US
dc.contributor.departmentIzmir Institute of Technology. Materials Science and Engineeringen_US
dc.identifier.volume37en_US
dc.identifier.issue5en_US
dc.identifier.startpage530en_US
dc.identifier.endpage537en_US
dc.identifier.wosWOS:000325300500004
dc.identifier.scopusSCOPUS:2-s2.0-84883549424
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanıen_US


Files in this item

Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record